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基于流式细胞术和基因组Survey的花榈木基因组大小及特征分析
文献摘要：
花榈木是重要的材用、药用及园林绿化树种,国家二级重点保护野生植物.由于基因组数据缺乏,导致花榈木基因资源开发和分子机制研究相对滞后.本研究通过流式细胞术和基因组Survey分析方法对花榈木基因组大小进行估测,获得花榈木基因组重复系列比例、基因组杂合度以及GC含量等信息.经流式细胞术测定,得知花榈木基因组大小约为3 Gb.对花榈木基因组测序数据采用K-mer 17进行分析,得到花榈木基因组大小为3.01 Gb,与前者所得结果基本一致;杂合率为1.04％,重复序列比例为82.23％.采用K-mer 41进行组装,得到的contig N50为656 bp,总长为1343713339 bp,scaffold N50为762 bp,总长为1364689951 bp.根据各信息分析,得知花榈木基因组为高复杂基因组,本研究结果可以为后续基因组组装相应策略提供参考.
文献关键词：
花榈木;基因组大小;流式细胞术;基因组调查分析
中图分类号：
作者姓名：
夏诗琪;欧阳天林;温强;周成钏;楼浙辉;宋颖;刘丽婷
作者机构：
江西省林业科学院,江西南昌330013;江西省林业科技实验中心,江西赣州341600;华南农业大学·林学与风景园林学院,广东广州510642
文献出处：
引用格式：
[1]夏诗琪;欧阳天林;温强;周成钏;楼浙辉;宋颖;刘丽婷-.基于流式细胞术和基因组Survey的花榈木基因组大小及特征分析)[J].南方林业科学,2022(06):1-5
A类：
基因组调查分析
B类：
流式细胞术,Survey,花榈木,基因组大小,园林绿化树种,重点保护野生植物,基因组数据,数据缺乏,基因资源,过流,估测,杂合度,Gb,基因组测序,序数,mer,杂合率,重复序列,contig,N50,bp,总长,scaffold,信息分析,基因组组装,装相,相应策略
AB值：
0.294857
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