典型文献
基于转录组测序技术研究三角鲂和团头鲂抗嗜水气单胞菌感染基因表达差异
文献摘要：
为解析三角鲂(Megalobrama terminalis)和团头鲂(M.amblycephala)抗嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)感染的差异,通过Illumina HiSeq测序平台对感染后三角鲂和团头鲂开展了转录组测序.结果表明,三角鲂和团头鲂样本经测序、过滤后共获得62780个Unigenes,平均长度达到531.883 bp,Unigenes的N50为652 bp.比对数据库后,62780个Unigenes中有35443个可注释到NR数据库,比例 最高,为56.46％;仅有8 632个Unigenes可注释到COG数据库,比例 最低,为13.75％.62 780个Unigenes中,有33 693个Uni-genes在三角鲂中表达,有32 936个Unigenes在团头鲂中表达,其中有24 834个Unigenes在三角鲂和团头鲂中共表达.差异基因表达趋势聚类分析表明,三角鲂、团头鲂在3 h和24 h时间点上基因表达趋势可划分为6类,其中聚类模式4所包含的差异表达基因最多,为16个;聚类模式1所包含的差异表达基因数量为15个;聚类模式5包含基因最少,为4个.GO富集分析表明,三角鲂和团头鲂感染后表达差异基因多集中在免疫反应(GO:0006955)、抗原递呈(GO:0019882)和细胞膜(GO:0016020)等 GO 条目上.KEGG 通路富集分析表明,自身免疫性甲状腺疾病(ko05320)、Ⅰ型糖尿病(ko04940)、病毒性心肌炎(ko05416)、细胞黏附分子(ko04514)和抗原递呈(ko04612)5个KEGG通路是富集程度最高的.以上GO和KEGG富集分析表明,三角鲂和团头鲂感染后基因表达差异与抗原递呈相关基因密切相关.本研究结果为解析三角鲂和团头鲂在嗜水气单胞菌感染上的差异性提供了研究基础.
文献关键词：
三角鲂;团头鲂;嗜水气单胞菌;转录组;基因表达
中图分类号：
作者姓名：
刘凯;谢楠;戴瑜来;阮松林;冯晓宇
作者机构：
杭州市农业科学研究院,浙江杭州310024
文献出处：
引用格式：
[1]刘凯;谢楠;戴瑜来;阮松林;冯晓宇-.基于转录组测序技术研究三角鲂和团头鲂抗嗜水气单胞菌感染基因表达差异)[J].渔业研究,2022(04):301-311
A类：
ko05320,ko04940,ko05416,ko04514,ko04612
B类：
转录组测序技术,三角鲂,团头鲂,嗜水气单胞菌,基因表达差异,Megalobrama,terminalis,amblycephala,Aeromonas,hydrophila,Illumina,HiSeq,测序平台,共获,Unigenes,平均长度,bp,N50,NR,COG,共表达,差异基因表达,趋势聚类分析,聚类模式,差异表达基因,多集,免疫反应,抗原递呈,细胞膜,条目,通路富集分析,自身免疫性甲状腺疾病,病毒性心肌炎,细胞黏附分子,染上
AB值：
0.212295
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