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成纤维细胞增殖通路相关9个基因可以预测糖尿病足的发生
文献摘要：
目的 基于血浆游离DNA(cfDNA)探究成纤维细胞增殖通路相关的5-羟甲基胞嘧啶修饰基因对糖尿病足(Diabetic foot ulcer,DFU)和糖尿病(Diabetic mellitus,DM)患者的区分.方法 收集2021年1-12月就诊于北京大学第三附属医院确诊为DFU患者血浆6例和DM患者血浆14例,提取cfDNA,使用5hmC-Seal技术建立文库后,依托Illumina高通量测序平台进行测序,筛选差异羟甲基化修饰基因(DhMGs).采用GSVA富集分析方法对DhMGs富集分析,使用STRING数据库和Cy-toscape3.9.0对GSVA富集中丨log2FoldChange丨变化最大的成纤维细胞增殖通路中的18个DhMGs进行分析,使用STRING数据库和Cytoscape3.9.0得到9个关键枢纽基因(Hub基因),最后使用Hub基因通过岭回归建模区分DFU组和DM组,并使用RNA-seq数据验证.结 果 分析得出DFU组与DM组DhMGs共有5 748个,通过GSVA富集中丨log2FoldChange丨变化最大的成纤维细胞增殖通路中的18个DhMGs进行分析,使用STRING数据库和Cytoscape3.9.0得到9个Hub基因,使用岭回归建模得到AUC为1.000,使用RNA-seq数据对9个基因建模的AUC为0.962.结论 本研究基于5hmC-Seal技术探究DFU和DM患者血浆cfDNA中5hmC变化,在5hmC的水平发现成纤维细胞增殖通路的重要性,通路中的9个基因能够预测糖尿病足患者.
文献关键词：
糖尿病足;糖尿病;5-羟甲基胞嘧啶;游离DNA;成纤维细胞增殖
中图分类号：
作者姓名：
马睿瑶;储金林;李念东;李琳琳
作者机构：
新疆医科大学药学院,乌鲁木齐830017;新疆医科大学医学工程学院,乌鲁木齐830017
文献出处：
引用格式：
[1]马睿瑶;储金林;李念东;李琳琳-.成纤维细胞增殖通路相关9个基因可以预测糖尿病足的发生)[J].新疆医科大学学报,2022(10):1091-1098
A类：
DhMGs
B类：
成纤维细胞增殖,cfDNA,胞嘧啶,Diabetic,foot,ulcer,DFU,mellitus,DM,5hmC,Seal,文库,Illumina,高通量测序平台,甲基化修饰,GSVA,富集分析,STRING,log2FoldChange,Cytoscape3,关键枢纽基因,Hub,岭回归,回归建模,seq,数据验证,技术探究,现成,糖尿病足患者
AB值：
0.231951
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