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基于线粒体COI和12S rDNA基因构建珠江河口鱼类DNA宏条形码数据库
文献摘要：
为建立珠江河口鱼类本底DNA条形码数据库,为珠江河口鱼类种类识别和多样性研究提供信息化基础,于2020-2021年在珠江河口采集鱼类样本251尾,测定了6目10科41属99种鱼类的219条线粒体COI基因5'端的652 bp序列和247条线粒体12S rDNA基因5'端的163～185 bp序列.同时,从GenBank数据库下载珠江河口鱼类COI序列165条和12S rDNA序列128条,共获得172种鱼类的384条COI序列与375条12S rDNA序列,初步构建了珠江河口鱼类条形码数据库.研究发现:COI序列种内平均遗传距离为0.20％,种间平均遗传距离为25.54％;12S rDNA序列种内平均遗传距离为0.12％,种间平均遗传距离为34.39％.基于COI基因的DNA条形码可形成明显的条形码间隙;而基于12S rDNA基因的DNA条形码不能形成明显的条形码间隙,11个物种(占总种类的6.4％)存在区分困难的情况.珠江河口鱼类DNA条形码数据库的建立,有利于推进该河口鱼类生态系统的环境DNA分析,并为珠江河口鱼类生物多样性的保护和种群动态监测提供可靠的技术支持.
文献关键词：
鱼类;COI基因;12S rDNA基因;DNA条形码数据库;珠江河口
中图分类号：
作者姓名：
蒋佩文;李敏;张帅;陈作志;徐姗楠
作者机构：
上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部外海渔业可持续利用重点实验室/广东省渔业生态环境重点实验室,广东广州510300;南方海洋科学与工程广东省实验室(广州),广东广州511458
文献出处：
引用格式：
[1]蒋佩文;李敏;张帅;陈作志;徐姗楠-.基于线粒体COI和12S rDNA基因构建珠江河口鱼类DNA宏条形码数据库)[J].南方水产科学,2022(03):13-21
A类：
B类：
COI,12S,rDNA,珠江河口,宏条形码,码数,本底,种类识别,多样性研究,集鱼,条线,bp,GenBank,下载,共获,种内,内平,遗传距离,种间,鱼类生态,类生物,种群动态
AB值：
0.158115
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