典型文献
靶向敲除β-珠蛋白基因座控制区增强子HS2对K562细胞转录组的影响
文献摘要：
人类 β-地中海贫血的发病机制与 β-样珠蛋白基因异常表达息息相关.人类 β-样珠蛋白基因以5'-ε-Gγ-Aγ-δ-β-3'的顺序排列于β-珠蛋白基因座,受5'LCR(locus control region)中5个超敏位点(hypersensitive site,HS)5'HS5～5'HS1和3'HS1调控.其中5'HS2是最重要的增强子,能产生增强子RNA(enhancer RNA)并调控ε-globin、γ-globin和β-globin的表达.为了进一步探究K562细胞中增强子5'HS2的功能,本研究首先通过染色质构象捕获技术在人慢性髓原白血病K562细胞中探测到5'HS2介导的染色质相互作用集中在以包含CTCF(CCCTC-binding factor)位点的3'HS1和5'HS5为边界的拓扑结构域中,5'HS2在三维空间上与HBE1、HBG2和HBG1启动子区域相互靠近.其次运用CRISPR DNA片段编辑技术在K562细胞系中删除了增强子5'HS2.最后通过RNA-seq和CUT&Tag(cleavage under target&tagmentation)实验分析两个5'HS2删除的单克隆细胞系的转录组和染色质H3K27ac组蛋白修饰,发现91个基因表达显著下调而且其启动子区的H3K27ac修饰程度显著降低.这些基因主要聚类于氧气运输、免疫应答、细胞粘附、抗氧化和维持血栓形成等与红细胞功能相关的生物过程中,表明K562细胞系中增强子5'HS2对红细胞功能相关基因的转录产生了广泛影响.
文献关键词：
β-珠蛋白基因座;增强子;5’HS2;三维基因组;H3K27ac
中图分类号：
作者姓名：
陈秀丽;黄海燕;吴强
作者机构：
上海交通大学系统生物医学研究院比较生物医学研究中心,系统生物医学教育部重点实验室,上海 200240
文献出处：
引用格式：
[1]陈秀丽;黄海燕;吴强-.靶向敲除β-珠蛋白基因座控制区增强子HS2对K562细胞转录组的影响)[J].遗传,2022(09):783-797
A类：
染色质相互作用,HBE1,HBG2,HBG1
B类：
靶向敲除,珠蛋白基因,基因座,控制区,增强子,HS2,K562,转录组,地中海贫血,异常表达,顺序排列,列于,LCR,locus,control,region,超敏,hypersensitive,site,HS5,HS1,enhancer,globin,染色质构象,原白,白血病,CTCF,CCCTC,binding,拓扑结构,结构域,三维空间,启动子区域,CRISPR,编辑技术,删除,seq,CUT,Tag,cleavage,under,target,tagmentation,单克隆细胞系,H3K27ac,组蛋白修饰,气运,免疫应答,细胞粘附,血栓形成,红细胞功能,生物过程,三维基因组
AB值：
0.335331
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