典型文献
东方蜜蜂微孢子虫孢子中微小RNA的鉴定与分析
文献摘要：
[目的]丰富东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae的微小RNA(microRNA,miRNA)信息,并为深入探究miRNA在病原孢子和病原侵染中的功能提供理论和实验依据.[方法]基于已获得的small RNA-seq数据,利用生物信息学软件对东方蜜蜂微孢子虫的纯净孢子中的miRNA进行鉴定和分析.采用茎环反转录PCR(stem-loop RT-PCR)检测已鉴定的miRNA的表达;通过分子克隆与Sanger测序验证miRNA的序列.使用TargetFinder软件预测这些miRNA的靶基因,并对靶基因进行数据库注释.根据miRNA与靶基因的靶向结合关系构建调控网络,再利用Cytoscape软件进行可视化.[结果]在东方蜜蜂微孢子虫孢子中共鉴定到10个miRNA;这些miRNA的长度分布介于21～25 nt,首位碱基表现出U偏向性,每一位碱基的偏向性差异明显.Stem-loop RT-PCR检测结果表明这10个miRNA均真实表达;Sanger测序结果证实了随机选取的其中2个miRNA的序列真实性.共预测出249个靶基因,其中分别有249,118,136和3个靶基因可注释到Nr,Swiss-Prot,KOG和eggNOG数据库.此外,分别有134和71个靶基因可分别注释到GO数据库的30个功能条目和KEGG数据库的54条通路.[结论]本研究揭示了东方蜜蜂微孢子虫孢子中miRNA的存在和表达;这些miRNA通过调控潜在靶基因的表达参与孢子的生命活动.
文献关键词：
蜜蜂;宿主;东方蜜蜂微孢子虫;小RNA测序;微小RNA;调控
中图分类号：
作者姓名：
张文德;赵浩东;孙明会;余岢骏;郭意龙;朱乐冉;胡颖;赵萧;叶亚萍;陈大福;郭睿
作者机构：
福建农林大学动物科学学院(蜂学学院),福州350002;福建农林大学蜂疗研究所,福州350002
文献出处：
引用格式：
[1]张文德;赵浩东;孙明会;余岢骏;郭意龙;朱乐冉;胡颖;赵萧;叶亚萍;陈大福;郭睿-.东方蜜蜂微孢子虫孢子中微小RNA的鉴定与分析)[J].昆虫学报,2022(06):708-717
A类：
B类：
东方蜜蜂微孢子虫,子中微,Nosema,ceranae,microRNA,miRNA,侵染,small,seq,利用生物,生物信息学软件,纯净,stem,loop,分子克隆,Sanger,TargetFinder,软件预测,靶基因,对靶,关系构建,调控网络,Cytoscape,nt,碱基,偏向性,每一位,Stem,真实表达,预测出,Nr,Swiss,Prot,KOG,eggNOG,条目,生命活动,宿主
AB值：
0.326782
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