典型文献
基于生物信息学分析揭示ceRNA网络调控锰致神经毒性的标志物
文献摘要：
目的 筛选锰(manganese,Mn)染毒人神经母细胞瘤(SH-SY5Y)细胞后差异表达RNAs,分析内源性竞争RNA(com-peting endogenous RNA,ceRNA)共表达网络并鉴定出与帕金森病(Parkinson's disease,PD)患者大脑皮质中共表达的关键RNAs,揭示Mn致神经毒性与PD的共同分子机制和潜在的生物标志物.方法 利用Agilent人表达谱芯片对Mn暴露(500μmol/L MnCl2,6h)SH-SY5Y细胞进行mRNAs、miRNAs和lncRNAs检测;运用R软件分析差异表达(differential expres-sion,DE)基因.通过starBase和miRTarBase数据库鉴定miRNA-lncRNA和miRNA-mRNA相互作用关系,用Cytoscape软件构建ceRNA调控网络,对比分析GEO数据库GSE72962检测的PD患者额叶皮质miRNAs表达数据;对DE mRNAs进行GO功能富集和KEGG通路分析.结果 Mn染毒SH-SY5Y细胞后差异表达分析筛选出DE lncRNAs 177个,DE miRNAs 112个和DE mRNAs 6353个.根据共表达分析结果和ceRNA调控机制,最终纳入lncRNAs 20个,miRNAs 14个和mRNAs 27个,共65对相互作用关系构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络.其中miR-124-3p和miR-371a-5p的表达在Mn染毒神经细胞和PD患者额叶皮质中均有显著性变化.GO和KEGG富集分析提示,ceRNA主要富集在神经系统发育、凋亡信号调节、氧化应激反应、自噬、细胞衰老等通路.结论 ceRNA调控网络在Mn致神经毒性作用中发挥着重要作用,miR-124-3p和miR-371a-5p可能会成为锰中毒和PD诊断的生物标志物.
文献关键词：
锰;神经毒性;帕金森病(PD);竞争性内源RNA(ceRNA)
中图分类号：
作者姓名：
张诗玄;李婕;武璐丽;马俊香;陈丽;肖忠新;牛丕业
作者机构：
首都医科大学公共卫生学院,北京 100069;首都医科大学环境毒理学北京市重点实验室;首都医科大学中心实验室
文献出处：
引用格式：
[1]张诗玄;李婕;武璐丽;马俊香;陈丽;肖忠新;牛丕业-.基于生物信息学分析揭示ceRNA网络调控锰致神经毒性的标志物)[J].环境卫生学杂志,2022(04):247-253
A类：
peting,GSE72962,371a
B类：
生物信息学分析,ceRNA,神经毒性,manganese,染毒,人神,神经母细胞瘤,SH,SY5Y,内源性,com,endogenous,共表达网络,帕金森病,Parkinson,disease,大脑皮质,生物标志物,Agilent,表达谱芯片,MnCl2,6h,mRNAs,miRNAs,lncRNAs,differential,expres,sion,DE,starBase,miRTarBase,相互作用关系,Cytoscape,软件构建,调控网络,GEO,额叶皮质,功能富集,通路分析,差异表达分析,调控机制,关系构建,3p,5p,神经细胞,显著性变化,富集分析,神经系统发育,氧化应激反应,自噬,细胞衰老,毒性作用,锰中毒,竞争性
AB值：
0.324164
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