典型文献
系统性红斑狼疮患者免疫细胞代谢通路转录组分析
文献摘要：
目的·利用生物信息学方法研究系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)患者免疫细胞亚群的代谢通路活化水平.方法·从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载SLE患者和正常人外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)的基因表达矩阵,以及SLE患者和正常人外周血中T细胞和B细胞亚群相应的基因表达矩阵,对测序数据进行标准化后筛选差异表达基因(differentially-expressed gene,DEG).应用Enrichr在线富集工具对差异表达基因进行通路分析,并通过比对分析确定共同上调通路.借助基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)软件对全基因表达矩阵进行通路富集分析.对SLE和正常人PBMC的转录测序数据进行免疫细胞的构成比例分析.对目的通路进行基因表达注释.运用基于转座酶和高通量测序的染色质分析(assay for transposase-accessible chromatin using sequencing,ATAC-seq)技术检测SLE患者和正常人B细胞中糖酵解相关基因的染色质开放性情况.结果·①维恩图展示SLE患者PBMC基因表达谱(GSE169080、GSE144390以及GSE139350)富集了139个共同上调的通路,GSEA分析结果显示其中包括糖酵解、氧化磷酸化(oxidative phosphorylation,OXPHOS)以及脂肪酸氧化(fatty acid oxidation,FAO)在内的多条代谢通路在SLE患者中上调.②免疫细胞比例构成分析发现,与正常人相比,SLE患者外周血中T细胞、B细胞以及NK细胞的比例较高;SLE患者T细胞和B细胞中多个代谢通路关键酶基因的表达水平均较正常人高.③SLE患者和正常人外周血B细胞的ATAC-seq结果显示,糖酵解关键酶基因SLC2A3、PKM以及LDHA的开放性在SLE患者中更高.④SLE患者B细胞亚群的代谢通路GSEA分析结果和代谢通路可视化分析显示,记忆B细胞和浆母细胞的多个代谢通路水平均较初始B细胞高.结论·SLE患者转录水平的多条代谢通路均发生改变,效应B细胞的代谢通路活化水平较初始B细胞高.
文献关键词：
系统性红斑狼疮;代谢通路;基因表达综合数据库;生物信息学;B细胞
中图分类号：
作者姓名：
韩夏夏;蒋扬;顾霜霜;戴黛;沈南
作者机构：
上海交通大学医学院附属仁济医院风湿科,上海风湿病学研究所,上海200127
文献出处：
引用格式：
[1]韩夏夏;蒋扬;顾霜霜;戴黛;沈南-.系统性红斑狼疮患者免疫细胞代谢通路转录组分析)[J].上海交通大学学报（医学版）,2022(09):1197-1207
A类：
GSE169080,GSE144390,GSE139350
B类：
系统性红斑狼疮,细胞代谢通路,转录组分析,利用生物,生物信息学方法,研究系统,systemic,lupus,erythematosus,SLE,免疫细胞亚群,活化水,基因表达综合数据库,Gene,Expression,Omnibus,GEO,下载,正常人,人外周血,外周血单个核细胞,peripheral,blood,mononuclear,cell,PBMC,序数,差异表达基因,differentially,expressed,gene,DEG,Enrichr,通路分析,比对分析,同上,基因集富集分析,set,enrichment,analysis,GSEA,全基因,通路富集分析,构成比,比例分析,转座酶,assay,transposase,accessible,chromatin,using,sequencing,ATAC,染色质开放性,维恩图,基因表达谱,氧化磷酸化,oxidative,phosphorylation,OXPHOS,脂肪酸氧化,fatty,acid,oxidation,FAO,多条,构成分析,NK,关键酶基因,较正,糖酵解关键酶,SLC2A3,PKM,LDHA,浆母细胞,转录水平
AB值：
0.344507
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