典型文献
芸薹属作物TT8基因鉴定与生物信息学分析
文献摘要：
为探明芸薹属作物TT8基因的序列特征和基因组组成,以拟南芥TT8基因为种子序列,利用BLAST工具对芸薹属作物(白菜、甘蓝、甘蓝型油菜、芥菜、黑芥)TT8同源基因进行系统鉴定,对其核苷酸和氨基酸序列进行比较分析.结果表明:在芸薹属作物中共鉴定出7个AtTT8同源基因,其中甘蓝型油菜2个、白菜1个、甘蓝1个、芥菜2个、黑芥1个.芸薹属作物7个TT8基因的基本理化性质、亚细胞定位和蛋白三级结构等均无明显差异;氨基酸序列高度相似,均属bHLH超家族,其中甘蓝型油菜两个TT8同源拷贝分别同白菜与甘蓝聚为一类,亲缘关系紧密;sgRNA分析获得了 4条在7个AtTT8同源基因中均高度保守存在的sgRNA位点,推测与TT8基因功能高度相关.最后,本研究还分析43份甘蓝型油菜种质材料的重测序数据,在甘蓝型油菜TT8两个同源基因中共检测到11个多态性位点,包括4个SNP和7个InDel,总频率分别为0.00109和0.00199,均位于 5'UJTR 区.
文献关键词：
芸薹属;TT8基因;生物信息学;sgRNA
中图分类号：
作者姓名：
陈镇;何晓莹;任静;俎峰;赵凯琴;李根泽;黄晓霞;程小毛
作者机构：
西南林业大学园林园艺学院,国家林业与草原局西南风景园林工程技术研究中心,云南昆明650233;云南省农业科学院经济作物研究所,云南昆明650225
文献出处：
引用格式：
[1]陈镇;何晓莹;任静;俎峰;赵凯琴;李根泽;黄晓霞;程小毛-.芸薹属作物TT8基因鉴定与生物信息学分析)[J].西南林业大学学报,2022(11):44-55
A类：
AtTT8,UJTR
B类：
芸薹属,基因鉴定,生物信息学分析,序列特征,组组,拟南芥,子序列,BLAST,白菜,甘蓝型油菜,芥菜,同源基因,系统鉴定,氨基酸序列,基本理化性质,亚细胞定位,三级结构,bHLH,超家族,拷贝,亲缘关系,系紧,sgRNA,基因功能,菜种,种质材料,重测序,序数,多态性位点,SNP,InDel
AB值：
0.232783
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
