目的:使用计算机模拟的靶点预测与分子对接的方法,研究抗菌光动力疗法中光敏剂与细菌结合的靶点,并计算结合能.方法:在Uniprot数据库和RCSB PDB数据库中获取并汇总牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonasgin-givalis,Pg)的蛋白名称;在SciFinder数据库、PubChem数据库、ChemSpider数据库和Chemical Book中筛选并对比亚甲基蓝的结构图,并用ChemBioDraw软件绘制确认;在PharmMapper数据库对亚甲基蓝三维结构进行靶点预测,并用Cytoscape软件构建可视化网络图;在String数据库中构建亚甲基蓝靶点与Pg蛋白交集的相互作用网络;选择FimA、Mfa4、RgpB、Kgp K1蛋白,使用AutoDock软件计算亚甲基蓝与上述蛋白的对接能量,并进行分子对接.结果:靶点预测结果显示,268个亚甲基蓝潜在靶点和1 865个Pg的蛋白之间有19个共同的靶点,这19个靶点为:groS、rad A、rpl A、dps、fabH、pyrG、thyA、panC、RHO、frd A、ileS、bio A、def、ddl、TPR、murA、lepB、cobT、gyrB.分子对接结果显示,亚甲基蓝能与FimA蛋白的9个位点结合,结合能-6.26 kcal/mol;与Mfa4蛋白的4个位点和氢键形成位点GLU47结合,结合能-5.91 kcal/mol;与RgpB蛋白的氢键形成位点LYS80结合,结合能-5.14 kcal/mol;与Kgp K1蛋白的6个位点和氢键形成位点GLY1114结合,结合能-5.07 kcal/mol.结论:计算机模拟的靶点预测与分子对接技术可以初步揭示亚甲基蓝与Pg部分蛋白发生结合、结合程度及结合位点,为将来研究光敏剂与细胞、细菌结合位点的筛选提供参考.

靶点预测;分子对接;光动力;亚甲基蓝;牙龈卟啉单胞菌

袁临天;马利沙;刘润园;齐伟;张栌丹;王贵燕;王宇光

北京大学口腔医学院·口腔医院综合科,国家口腔疾病临床医学研究中心,口腔数字化医疗技术和材料国家工程实验室,口腔数字医学北京市重点实验室,北京 100081;北京大学口腔医学院·口腔医院口腔医学数字化研究中心,北京 100081;大连医科大学口腔医学院牙体牙髓科,辽宁大连 116044;北京大学口腔医学院·口腔医院门诊部,北京 100081;北京大学口腔医学院·口腔医院儿童口腔科,北京 100081

北京大学学报（医学版）

[1]袁临天;马利沙;刘润园;齐伟;张栌丹;王贵燕;王宇光-.计算机模拟亚甲基蓝与牙龈卟啉单胞菌部分蛋白的分子对接)[J].北京大学学报（医学版）,2022(01):23-30

Porphyromonasgin,ChemBioDraw,Mfa4,RgpB,groS,rpl,dps,fabH,panC,frd,ileS,ddl,murA,lepB,cobT,GLU47,LYS80,GLY1114

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