典型文献
16S rRNA基因可变区与全长序列进化关系相似性分析
文献摘要：
为了分析细菌16S rRNA基因可变区与其全长序列之间进化关系的相似性,对核糖体数据库项目(RDP)所提供的细菌16S rRNA基因进行了研究.在对可变区进行截取、筛选等数据预处理后,对可变区实际碱基数目和操作分类单元数目进行了统计分析.结果显示,V2、V3、V4可变区,特别是V2、V4可变区,不仅在序列长度上较长,实际碱基数目也大大超过其他可变区,较其他可变区包含更多的序列信息;建立了层次距离矩阵算法,计算出V2、V3、V4可变区与全长序列所构建的进化树之间的距离差异值分别为59052、87154、45848,可见V4可变区在进化关系上更接近全长序列,使用V4可变区构建进化树的可信度要优于V2、V3可变区,且层次距离矩阵算法比一些传统的距离与相似度算法具有更好的性能.
文献关键词：
16S rRNA;可变区;操作分类单元;进化树;进化关系
中图分类号：
作者姓名：
刘爽爽;帖云;齐林;刘峰辉;王磊
作者机构：
郑州大学信息工程学院 河南郑州 450001;郑州大学第一附属医院 河南郑州 450052;河南省人民医院口腔医学中心 河南郑州 450003
文献出处：
引用格式：
[1]刘爽爽;帖云;齐林;刘峰辉;王磊-.16S rRNA基因可变区与全长序列进化关系相似性分析)[J].郑州大学学报（理学版）,2022(01):19-24
A类：
B类：
16S,rRNA,可变区,全长,进化关系,相似性分析,核糖体,RDP,截取,数据预处理,碱基,基数,操作分类单元,V2,V3,V4,大大超,序列信息,距离矩阵,矩阵算法,进化树,离差,差异值,系上,可信度,相似度算法
AB值：
0.29139
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
