典型文献
基于高密度SNP标记的云南元阳红米种质资源遗传多样性分析
文献摘要：
为了明确云南元阳红米地方品种种质资源的遗传背景及遗传多样性,给当地红米种质资源保护与开发利用提供理论依据,对元阳梯田地区的红米种质资源进行了全面收集,并利用分布于水稻12条染色体53 032个SNP标记的水稻50K液相基因芯片对155份红米材料进行全基因组基因型检测,通过群体结构和聚类分析,评价红米种质资源的遗传背景和多样性.通过计算最小等位基因频率(MAF)、核苷酸多态性(pi)、多态性信息含量(PIC)等多个多态性指标,发现元阳红米品种间的位点遗传多样性较低.通过群体结构分析,可将供试材料分为9大类,9个类群之间基因交流不频繁,类群内遗传背景单一,少部分材料具有混合的遗传背景.NJ聚类分析可将供试材料分为明显的籼、粳2大类,其中籼稻类涵盖的材料有140份,占供试材料总数的90％.本研究利用高密度SNP基因型数据揭示了云南元阳地方红米品种的遗传多样性水平较低、种质资源遗传背景单一等特点,通过精准鉴定去除了品种重复,为当地红米种质资源的保护与利用提供理论依据.
文献关键词：
红米;云南元阳;种质资源;遗传多样性;群体结构;亲缘关系
中图分类号：
作者姓名：
龙晓波;李为国;叶昌荣;程计华;张哲;尹合兴;赵健;李正和;曹桂元;易丽媛;罗正华;杨秀美;符岂玮;彭俊华;贾高峰;田冰川
作者机构：
中信农业科技股份有限公司,北京100004;华智生物技术有限公司,湖南长沙410125;元阳县种子管理站,云南元阳662400;元阳县农业技术推广中心,云南元阳662400
文献出处：
引用格式：
[1]龙晓波;李为国;叶昌荣;程计华;张哲;尹合兴;赵健;李正和;曹桂元;易丽媛;罗正华;杨秀美;符岂玮;彭俊华;贾高峰;田冰川-.基于高密度SNP标记的云南元阳红米种质资源遗传多样性分析)[J].杂交水稻,2022(04):15-20
A类：
B类：
SNP,云南元阳,红米,遗传多样性分析,地方品种,遗传背景,种质资源保护,资源保护与开发,保护与开发利用,元阳梯田,梯田地,水稻,50K,基因芯片,全基因组,基因型,等位基因频率,MAF,pi,多态性信息含量,PIC,种间,群体结构分析,类群,基因交流,少部分,NJ,中籼稻,研究利用,精准鉴定,保护与利用,亲缘关系
AB值：
0.287346
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