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典型文献
基于RNA-seq技术的雏鸡晚期离焦识别转录组学研究
文献摘要:
目的::探讨晚期离焦识别的分子机制。方法::实验研究。将30只7 d龄白来航鸡随机分为负镜组、正镜组和对照组,分别给予雏鸡右眼-10 D/+10 D/0 D透镜诱导,干预时间为6 d。所有动物均在光学干预前后测量屈光度、眼轴和后极部各组织厚度等生物学参数。采用单因素方差分析对数据进行分析。眼球生物学参数测量完毕后分离眼后极部组织,提取RNA,应用RNA-seq技术筛选差异表达基因,并对其进行GO功能注释、KEGG通路分析及PPI网络分析,观察离焦干预对雏鸡后极部各组织转录组的影响。结果::负镜组、正镜组雏鸡的屈光度、眼轴长度以及脉络膜厚度,与对照组相比,差异具有统计学意义( P<0.05);以 P<0.05和|log2FC|>1为筛选标准,负镜组与对照组相比,视网膜有203个差异表达基因,脉络膜有757个差异表达基因,巩膜有1 509个差异表达基因;正镜组与对照组相比,视网膜有191个差异表达基因,脉络膜有378个差异表达基因,巩膜有1 918个差异表达基因。与对照组比,负镜组与正镜组的重叠基因除 LOC121112941外均表现出相同的差异表达趋势,GO分析通路存在50%以上重合,KEGG分析视网膜水平的重叠通路是花生四烯酸代谢、酪氨酸代谢和视黄醇代谢;脉络膜水平的重叠通路是内质网中的蛋白质加工,精氨酸和脯氨酸代谢和视黄醇代谢;巩膜水平的重叠通路则为细胞粘附分子、ECM-受体相互作用、粘着斑、细胞因子-细胞因子受体相互作用、硫代谢、糖胺聚糖生物合成-硫酸软骨素/硫酸皮肤素、Toll样受体信号通路、TGF-β信号通路和MAPK信号通路。通过PPI蛋白互作网络分析鉴定出离焦识别过程中各组织的关键基因。 结论::本研究在转录组水平上筛选出晚期离焦识别过程的绝大多数重叠基因保持着相同的上调或下调表达趋势,不同方向的离焦信号可能诱导部分通路的相似变化。
文献关键词:
正视化;屈光不正;视网膜;脉络膜;巩膜;RNA-seq
作者姓名:
孙丽媛;朱莉;陈思童;王凯;赵明威
作者机构:
北京大学医学部医学技术研究院 北京大学人民医院眼科 眼病与视光医学研究所 视网膜脉络膜疾病诊治研究北京市重点实验室 北京大学医学部眼视光学院,北京 100044
引用格式:
[1]孙丽媛;朱莉;陈思童;王凯;赵明威-.基于RNA-seq技术的雏鸡晚期离焦识别转录组学研究)[J].中华眼视光学与视觉科学杂志,2022(07):494-505
A类:
LOC121112941
B类:
seq,雏鸡,离焦,转录组学,组学研究,白来航鸡,右眼,+10,透镜,后测,屈光度,单因素方差分析,眼球生物学参数,参数测量,量完,完毕,技术筛选,差异表达基因,功能注释,通路分析,PPI,焦干,眼轴长度,脉络膜厚度,log2FC,筛选标准,视网膜,巩膜,重叠基因,花生四烯酸代谢,酪氨酸,视黄醇,内质网,蛋白质加工,精氨酸,脯氨酸代谢,细胞粘附分子,ECM,粘着,细胞因子受体,硫代谢,糖胺聚糖,生物合成,硫酸软骨素,硫酸皮肤素,Toll,样受体,TGF,MAPK,蛋白互作网络分析,分析鉴定,出离,识别过程,关键基因,数重,同方向,正视化,屈光不正
AB值:
0.312308
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