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基于TCGA/GEO数据库对lncRNA在口腔鳞状细胞癌中甲基化水平及预后相关性的分析
文献摘要：
目的:探讨lncRNA异常甲基化与口腔鳞状细胞癌预后的关系.方法:从TCGA和GEO数据库中获取口腔鳞状细胞癌甲基化数据及表达数据,采用R软件的CHAMP包对DNA甲基化芯片进行差异甲基化位点分析,R软件的DESeq2包对表达数据进行差异表达分析.利用GENCODE 28V探针进行甲基化注释,Cox回归分析及GSE52793芯片验证获得预后相关ln-cRNAo Kaplan-Meier生存分析、单因素和多因素分析、接受者工作特征曲线(Receiver Operation Characteristic,ROC)等评估影响预后的因素.结果:4种lncRNA SFTA1P,AL049775.2,KCNMB2-AS1和AL445250.1在口腔鳞状细胞癌中表现为高甲基化,生存分析显示,所有4种lncRNA在OSCC中均具有临床预后价值.结论:SFTA1P,AL049775.2,KCNMB2-AS1和AL445250.1的甲基化水平与口腔鳞状细胞癌预后有关.
文献关键词：
口腔鳞状细胞癌;基因甲基化;预后
中图分类号：
作者姓名：
林诗晗;邹璐宁;林雪梅;刘熠娟;葛欣婷;李遥遥;傅升;吕红兵
作者机构：
350004 福州,福建医科大学附属口腔医院;福建省高校口腔医学重点实验室;中国人民解放军联勤保障部队第九○○医院口腔科
文献出处：
引用格式：
[1]林诗晗;邹璐宁;林雪梅;刘熠娟;葛欣婷;李遥遥;傅升;吕红兵-.基于TCGA/GEO数据库对lncRNA在口腔鳞状细胞癌中甲基化水平及预后相关性的分析)[J].实用口腔医学杂志,2022(03):368-372
A类：
GSE52793,cRNAo,AL049775,KCNMB2,AL445250
B类：
TCGA,GEO,lncRNA,口腔鳞状细胞癌,甲基化水平,预后相关性,CHAMP,甲基化位点,DESeq2,差异表达分析,GENCODE,28V,Cox,芯片验证,Kaplan,Meier,生存分析,多因素分析,接受者,Receiver,Operation,Characteristic,SFTA1P,AS1,高甲基化,OSCC,临床预后,预后价值,基因甲基化
AB值：
0.30315
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