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基于扩展MDR方法的生存数据的特征选择
文献摘要：
目的 对比分析Surv-MDR、Cox-MDR、Cox UM-MDR和KM-MDR四种用于识别生存分析中SNP位点交互作用的算法,为寻找影响患者生存时间的交互SNP位点时算法的选择提供理论指导.方法 使用R 4.0.5完成四种算法以及模拟实验代码的编写,并使用ggplot2包绘制功效对比图;探索实际数据集上影响患者生存时间的交互SNP位点,并使用survminer包绘制相应的生存曲线.结果 在不同最小等位基因频率、遗传度下四种方法的效能不同.Cox-MDR受协变量影响最大;Surv-MDR和KM-MDR功效相近且整体表现最好,且KM-MDR具有更好的稳定性;CoxUM-MDR功效强于Cox-MDR但受删失比例影响最大;在真实数据集上,Cox UM-MDR和Surv-MDR识别出了同一个有意义的一阶交互项,Cox-MDR和KM-MDR未能识别出有意义的交互项.结论 当不存在协变量时,CoxUM-MDR、Surv-MDR和KM-MDR功效都明显高于Cox-MDR,不宜选用Cox-MDR;当存在协变量且删失比例不高时,Cox-MDR功效高于其他三种方法,宜选用Cox-MDR;但随着删失比例的增加,宜选用CoxUM-MDR或Surv-MDR.
文献关键词：
单核苷酸多态性;多因子降维;生存分析;降维
中图分类号：
作者姓名：
田野;侯婧雯;王宗辉;郑睿;李若锦;刘艳
作者机构：
哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081
文献出处：
引用格式：
[1]田野;侯婧雯;王宗辉;郑睿;李若锦;刘艳-.基于扩展MDR方法的生存数据的特征选择)[J].中国卫生统计,2022(05):663-668
A类：
Surv,CoxUM
B类：
MDR,特征选择,KM,生存分析,SNP,点交,生存时间,模拟实验,代码,ggplot2,实际数据,survminer,生存曲线,等位基因频率,遗传度,四种方法,协变量,真实数据,同一个,三种方法,单核苷酸多态性,多因子降维
AB值：
0.195372
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