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全转录组揭示化合物M6对谷氨酸棒状杆菌基因表达的影响
文献摘要：
目的 探究化合物M6所干预的谷氨酸棒状杆菌(Cg)基因表达网络,以期为深入研究M6的抗菌作用机制提供候选基因.方法 利用Chemdraw 18.0软件展示M6的分子结构,二倍稀释法测定M6在多种微生物中的抗菌谱;模式菌选用与MTB细胞壁相似的Cg,刃天青法测定M6的最低抑菌浓度(MIC);用转录组测序分析M6对Cg基因表达的影响,实验组和对照组分别用1/2 MIC浓度的M6和相同浓度的DMSO处理Cg 24 h,每组设3次生物学重复;Trizol法提取总RNA并进行转录组测序;利用Bewtie 2软件分析差异表达基因(DEGs),用GO功能和KEGG通路分析DEGs富集及功能,STRING分析DEGs表达蛋白质之间的互作关系.结果 大部分G-菌和真菌对M6耐受,G+菌对M6较敏感,特别是MTB最敏感(MIC为0.0625μg·mL-1);分子结构显示M6具备有限的分子构象.选用对M6敏感的Cg(MIC为0.5μg·mL-1)为模式菌进行后期的转录组测序,测序结果显示,M6干预使Cg差异表达的mRNA共452个(P≤0.05,|log2FC|≥1.0),其中346个高表达,106个低表达;差异倍数4倍以上的基因有40个,包括高表达的ctpA、ftn、dps、cmr、trxC和clpB等34个基因及6个低表达基因bioB、bioA、gip、hI-0095、DNA81和DNA345.GO功能富集分析显示,DEGs主要富集在核糖体结构组分、rRNA结合和核蛋白复合体等与核糖体相关的功能途径.KEGG通路功能分析显示,核糖体及阳离子抗菌肽耐药性通路中的DEGs富集程度最显著,以rplL、rplJ、rplQ、rpmD、ftn、dps、cmr、trxC、bioA和ugpE等差异性最大.在蛋白互作网络图中,位于中心节点的蛋白质所对应的基因分别为rplQ、rplJ、rspD、rpmD、rpoA、rplE和rplL等.结论 M6具备显著的抗MTB活性.在调控Cg的基因表达方面,主要影响了Cg的核糖体及阳离子抗菌肽耐药性通路相关多个基因的表达.
文献关键词：
转录组;结核分枝杆菌;谷氨酸棒状杆菌;化合物M6;核糖体
中图分类号：
作者姓名：
杨丽;唐静;李晓雨;梁彤;秦闫燕;林源;杨延辉
作者机构：
宁夏医科大学基础医学院,宁夏回族自治区常见传染病防治重点实验室,银川 750004
文献出处：
引用格式：
[1]杨丽;唐静;李晓雨;梁彤;秦闫燕;林源;杨延辉-.全转录组揭示化合物M6对谷氨酸棒状杆菌基因表达的影响)[J].宁夏医科大学学报,2022(07):702-711
A类：
Chemdraw,Bewtie,ctpA,ftn,dps,trxC,clpB,bioB,bioA,gip,hI,DNA81,DNA345,rplL,rplJ,rplQ,rpmD,ugpE,rspD,rplE
B类：
M6,谷氨酸棒状杆菌,所干,Cg,抗菌作用,候选基因,分子结构,二倍稀释法,抗菌谱,MTB,细胞壁,刃天青,最低抑菌浓度,MIC,转录组测序分析,DMSO,Trizol,差异表达基因,DEGs,通路分析,STRING,互作关系,G+,备有,分子构象,log2FC,低表达,倍数,cmr,功能富集分析,核糖体,rRNA,核蛋白,复合体,功能分析,阳离子,抗菌肽,耐药性,蛋白互作网络,网络图,中心节点,rpoA,结核分枝杆菌
AB值：
0.190426
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