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smc5基因敲除斑马鱼肝脏转录组学分析
文献摘要：
目的:探讨smc5基因敲除对斑马鱼肝脏基因表达谱的影响,进一步明确smc5突变对斑马鱼代谢的影响.方法:用CRISPR/Cas9技术构建smc5基因敲除斑马鱼模型,取3个月的smc5-/-和野生型斑马鱼肝脏进行转录组测序,创建基因表达谱文库,观察smc5基因敲除后斑马鱼肝脏基因表达谱的变化,将筛选出的差异表达基因进行功能富集,并运用荧光定量PCR对KEGG通路中显著的差异表达基因进行验证.结果:成功构建出7号外显子上2碱基缺失造成移码突变的smc5基因敲除斑马鱼模型.RNA-seq发现smc5-/-斑马鱼的肝脏基因表达谱变化显著,包含p53的多个通路激活,如细胞周期和凋亡.糖酵解、脂肪酸降解与代谢、丙酮酸代谢等相关通路显著下调.荧光定量PCR结果与RNA-seq结果一致.结论:smc5基因敲除下调斑马鱼肝脏糖脂代谢.本研究结果为进一步研究SMC5基因在糖脂代谢调控中的潜在机制奠定基础.
文献关键词：
CRISPR/Cas9;斑马鱼;smc5;代谢;转录组测序
中图分类号：
作者姓名：
施缘萍;朱文娇;张昌润;彭雅洁;乔洁
作者机构：
上海交通大学医学院附属第九人民医院内分泌科 上海200011
文献出处：
引用格式：
[1]施缘萍;朱文娇;张昌润;彭雅洁;乔洁-.smc5基因敲除斑马鱼肝脏转录组学分析)[J].现代生物医学进展,2022(23):4401-4406
A类：
smc5,SMC5
B类：
基因敲除,鱼肝,肝脏转录组,转录组学分析,基因表达谱,CRISPR,Cas9,技术构建,斑马鱼模型,野生型,转录组测序,文库,差异表达基因,功能富集,外显子,碱基缺失,移码突变,seq,p53,细胞周期,糖酵解,丙酮酸代谢,相关通路,糖脂代谢,代谢调控,潜在机制
AB值：
0.183645
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