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新型牡蛎相关圆环病毒基因组的鉴定
文献摘要：
病原基因组信息的匮乏是牡蛎病害研究进展缓慢的主要原因之一.为鉴定更多牡蛎相关病毒,基于前期研究获得的华南沿海多地养殖的香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)病毒组测序数据进行质控、组装、物种注释后,挑选出其中疑似圆环病毒基因组序列进行进化树构建、基因组比较、蛋白结构域分析、三维结构预测和病毒丰度分析,在养殖牡蛎体内鉴定到了5个序列完整的新型牡蛎相关圆环病毒基因组,且5个病毒基因组在多个样品中存在.结果显示,5条病毒序列与已知的圆环病毒聚类在一个大的分支,说明其为圆环病毒科成员;5条病毒基因组序列均含有一个复制酶蛋白基因,且均与节肢动物圆环病毒复制酶蛋白序列最为相似;5条序列与另外7条公共数据库检索到的序列形成了一个独立的子分支,且该分支的序列来源多为动物相关样品.基于结构域分析软件(SMART)鉴定到多数序列中存在复制酶的保守结构域.
文献关键词：
圆环病毒;生物信息分析;香港牡蛎;复制酶;结构域
中图分类号：
作者姓名：
杨李玲;郭迎香;位红颖;王萌;方艺菲;朱鹏;姜敬哲
作者机构：
天津农学院,天津300384;中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室,广东广州510300;广州美格基因科技有限公司,广东广州510005;从化区农业农村局,广东广州510925;上海美吉生物医药科技有限公司,上海201321;上海海洋大学,上海201306
文献出处：
引用格式：
[1]杨李玲;郭迎香;位红颖;王萌;方艺菲;朱鹏;姜敬哲-.新型牡蛎相关圆环病毒基因组的鉴定)[J].南方水产科学,2022(04):65-75
A类：
B类：
圆环病毒,病毒基因组,原基,基因组信息,病害研究,展缓,前期研究,华南沿海,香港牡蛎,Crassostrea,hongkongensis,病毒组,序数,质控,挑选出,基因组序列,进化树构建,基因组比较,蛋白结构域,三维结构,结构预测,养殖牡蛎,病毒科,复制酶,节肢动物,病毒复制,公共数据库,数据库检索,SMART,保守结构域,生物信息分析
AB值：
0.307795
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