目前甘薯中针对SNP位点的分子标记开发及应用的报道较少.为开发甘薯特异SNP分子标记,本研究利用简化基因组测序技术对甘薯种质材料进行测序,筛选稳定的SNP位点,将其开发为基于HRM技术的分子标记,并在甘薯种质材料中进行验证.通过对23个甘薯种质材料简化基因组测序数据的分析,共发现835756个SNP多态性位点,筛选其中的3650个含有SNP多态性位点的高质量测序片段,成功设计了134对引物;初步验证发现,22对(16.42％)引物没有扩增产物,15对(11.19％)引物扩增产物2个以上,36对(26.87％)引物的扩增产物没有差异.61对(45.52％)引物在8个样本中的扩增特异性好,而且样本之间有差异.最后筛选34对扩增多态性丰富的引物对52份甘薯种质材料进行扫描,发现材料间多态性介于27.27％～90.91％之间,平均多态性达到59.35％.聚类分析表明,参试52份甘薯种质材料之间的差异较小,多数材料与骨干亲本南瑞苕、徐薯18之间关系较近,国外引进甘薯材料和地方品种差异较大.建议在今后甘薯育种中尽量选用地方品种和国外甘薯品种,从而更好地拓宽甘薯遗传背景.本研究初步建立了基于简化基因组技术和HRM技术开发甘薯SNP分子标记的新思路,为今后甘薯SNP分子标记开发提供了参考.同时本研究开发的甘薯分子标记,丰富了甘薯分子标记类型,为甘薯研究者开展快速的分子标记研究提供了支持.

甘薯;简化基因组测序;单核苷酸多态性;分子标记开发

冯俊彦;郎涛;张聪;李明;青莉芳;屈会娟;蒲志刚;康乐

西华师范大学环境科学与工程学院,四川 南充 637002;四川省农业科学院生物技术核技术研究所,四川 成都 610061

核农学报

[1]冯俊彦;郎涛;张聪;李明;青莉芳;屈会娟;蒲志刚;康乐-.基于简化基因组测序技术的甘薯HRM分子标记开发及其应用)[J].核农学报,2022(07):1350-1361

简化基因组测序技术,HRM,分子标记开发,SNP,开发及应用,研究利用,种质材料,发为,料简,序数,多态性位点,引物,扩增产物,参试,骨干亲本,地方品种,品种差异,育种,甘薯品种,遗传背景,技术开发,研究开发,单核苷酸多态性

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