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葛根素与乙酰胆碱酯酶作用的分子动力学模拟
文献摘要:
旨在阐明葛根素与乙酰胆碱酯酶(AChE)的分子作用机制,并为基于葛根素的类似物的AChE抑制剂的研发提供参考.运用AutoDock 4.2进行葛根素与AChE的分子对接,采用YASARA进行分子动力学模拟,利用MMPBSA.py模块计算复合体系的结合自由能,分析氨基酸的能量贡献.结果显示,葛根素与AChE对接体系含有4个氢键,2个π-π键.5 ns后,体系均方根偏差(RMSD)趋于平衡,体系结合自由能为-18.19 kcal/mol.促体系结合的主要作用力是范德华力、静电作用力,非溶剂化能是主要的结合阻力.能量贡献最大的残基依次为Asn533、Lys530、Ala534、Pro529.这些研究为新型抑制剂的研发提供理论参考.
文献关键词:
阿尔茨海默症;乙酰胆碱酯酶;葛根素;分子动力学;结合自由能
中图分类号:
作者姓名:
赵奇;邓培渊;王会鱼;罗青;田云芳;王国霞;杨玉珍;李春阁;陈刚
作者机构:
郑州师范学院 生命科学学院, 郑州450044
文献出处:
引用格式:
[1]赵奇;邓培渊;王会鱼;罗青;田云芳;王国霞;杨玉珍;李春阁;陈刚-.葛根素与乙酰胆碱酯酶作用的分子动力学模拟)[J].原子与分子物理学报,2022(06):21-27
A类:
YASARA,Asn533,Lys530,Ala534,Pro529
B类:
葛根素,乙酰胆碱酯酶,分子动力学模拟,AChE,分子作用机制,类似物,AutoDock,分子对接,MMPBSA,py,复合体系,结合自由能,氢键,ns,均方根偏差,RMSD,kcal,作用力,范德华力,静电作用,非溶剂,溶剂化,残基,阿尔茨海默症
AB值:
0.275204
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