典型文献
锡金海棠叶绿体基因组结构及密码子偏好性分析
文献摘要：
为研究锡金海棠叶绿体基因组结构、明确其叶绿体基因组密码子使用模式,通过NOVOPlasty、ge-neious和codonW等软件,组装出锡金海棠叶绿体基因组,在注释后分析叶绿体基因组结构,并筛选出53条蛋白编码序列(CDS)用于密码子偏好性分析.结果表明,锡金海棠叶绿体基因组全长160088 bp,GC含量为36.6％;不同碱基位置GC含量分别为GC1(46.98％)>GC2(39.46％)>GC3(28.30％),表明其密码子末位碱基偏向以A/U结尾;中性图分析表明GC12与GC3未有明显相关性,即密码子第1、2位碱基与第3位碱基存在一定差异;根据ENC-plot和PR2-plot分析,影响密码子偏好性的主要因素是自然选择;最后确定UUG、CUU和AUU等14个密码子为锡金海棠叶绿体基因组的最优密码子.研究结果对今后研究锡金海棠亲缘关系、系统发育、物种鉴定提供了数据支持,对优化目标基因、种源的鉴定及异源表达基因的改造和系统发育分析提供了理论依据.
文献关键词：
锡金海棠;叶绿体基因组;密码子偏好性
中图分类号：
作者姓名：
陈玲慧;王慧;刘岩;钱关泽
作者机构：
聊城大学 生命科学学院,山东 聊城 252059;聊城大学 学报编辑部,山东 聊城 252059
文献出处：
引用格式：
[1]陈玲慧;王慧;刘岩;钱关泽-.锡金海棠叶绿体基因组结构及密码子偏好性分析)[J].聊城大学学报（自然科学版）,2022(06):96-103
A类：
锡金海棠,NOVOPlasty,neious,codonW
B类：
叶绿体基因组,基因组结构,密码子偏好性,偏好性分析,使用模式,ge,装出,蛋白编码,编码序列,CDS,基因组全长,bp,碱基,GC2,GC3,末位,结尾,GC12,ENC,plot,PR2,自然选择,UUG,CUU,AUU,最优密码子,亲缘关系,物种鉴定,优化目标,种源,异源表达,表达基因,系统发育分析
AB值：
0.213258
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