典型文献
微生物操作分类单元划分算法研究
文献摘要：
目的 针对大规模16S rRNA基因序列聚类问题,对目前一些常见的OTUs划分算法,从不同数据集及多种评价指标方面进行比较研究.方法 在模拟数据集与真实数据集上,对现有12种经典OTUs划分算法进行了定量对比研究,并分析了这些算法的优缺点及使用范围.结果 对于同一个方法,不同数据集对聚类结果有影响.结论 相同的序列相似性阈值下,不同的聚类算法聚类结果差异较大,只有少数方法(如CD-HIT,USEARCH,VSEARCH和DBH)可以处理大数据及长序列数据.
文献关键词：
聚类;操作分类单元;微生物;生物序列
中图分类号：
作者姓名：
卫泽刚;侯一凡;张小丹;刘飞;钱郁
作者机构：
宝鸡文理学院物理与光电技术学院,陕西宝鸡721016
文献出处：
引用格式：
[1]卫泽刚;侯一凡;张小丹;刘飞;钱郁-.微生物操作分类单元划分算法研究)[J].宝鸡文理学院学报（自然科学版）,2022(01):80-88
A类：
VSEARCH
B类：
操作分类单元,单元划分,划分算法,算法研究,16S,rRNA,基因序列,聚类问题,OTUs,模拟数据,真实数据,定量对比,同一个,阈值下,聚类算法,CD,HIT,USEARCH,DBH,序列数据,生物序列
AB值：
0.507427
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