典型文献
基于转录组的褐软蜡蚧微卫星分子标记开发
文献摘要：
褐软蜡蚧Coccus hesperidum是一种在世界范围内危害多种经济作物和园林树木的昆虫.基于高通量测序技术获得褐软蜡蚧的转录组数据,通过微卫量识别工具(MISA)筛选SSR位点,同时利用Primer Premier 3批量设计引物并进行验证.结果显示,褐软蜡蚧的转录组数据经过拼接和聚类,最终获得111 073条单基因簇(unigenes),长度为201～23 463 bp,平均长度为1 687 bp,并通过MISA预测到51 272个SSR位点.其中,单核苷酸重复率最高(87.14％),三核苷酸重复率次之(8.93％),二核苷酸重复率最低(2.74％);单核苷酸以A/T重复为主(80.16％),三核苷酸以CCG/CGG重复为主(2.33％),二核苷酸以AG/CT重复为主(1.24％).同时利用七大数据库进行功能注释,GO注释率最高,为47.85％.此外,共随机挑选50对引物,其中15对引物在3个褐软蜡蚧地理种群中均成功扩增出目的条带.通过转录组数据筛选褐软蜡蚧SSR位点,为褐软蜡蚧的种群遗传及功能基因等研究奠定基础.
文献关键词：
褐软蜡蚧;转录组;微卫星DNA;分子标记
中图分类号：
作者姓名：
李冬芝;张美霞;单伊曼;王芳
作者机构：
河北师范大学生命科学学院,河北石家庄 050024
文献出处：
引用格式：
[1]李冬芝;张美霞;单伊曼;王芳-.基于转录组的褐软蜡蚧微卫星分子标记开发)[J].河北师范大学学报（自然科学版）,2022(05):502-511
A类：
褐软蜡蚧,Coccus,hesperidum
B类：
微卫星分子标记,分子标记开发,经济作物,园林树木,昆虫,高通量测序技术,技术获得,转录组数据,识别工具,MISA,SSR,Primer,Premier,引物,拼接,单基因,基因簇,unigenes,bp,平均长度,单核苷酸,重复率,CCG,CGG,AG,大数据库,功能注释,地理种群,条带,数据筛选,种群遗传,功能基因
AB值：
0.329292
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