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甘薯、番茄和拟南芥中丝氨酸羟甲基转移酶基因家族功能研究
文献摘要：
丝氨酸羟甲基转移酶(serine hydroxymethyltransferase,SHMT)普遍存在于植物中,在高等植物的一碳代谢和光呼吸过程中起着重要作用,然而该家族在甘薯中的功能尚不清楚.文章通过同源比对获取甘薯、番茄、拟南芥中21个SHMT基因家族的信息,通过系统进化树分析,发现21个SHMT蛋白形成4个分支;利用蛋白motif分析、蛋白结构域分析、基因外显子内含子结构分析、蛋白的二级结构和三级结构预测、蛋白质理化性质分析、核定位序列(nuclear localization sequence,NLS)、亚细胞定位分析预测,发现蛋白高级结构和基因结构在同一分支内更为保守,即同源性越高的蛋白,其结构、性质更为接近.通过对番茄中SHMT基因进行表达量分析,发现SHMT基因可能在番茄种子发育、开花、果实成熟方面发挥作用.另外,通过对拟南芥SHMT(AtSHMT)家族在胁迫条件下的表达水平进行分析,推断多个AtSHMT基因对胁迫尤其是盐胁迫、冷胁迫、热胁迫产生应答,表明SHMT基因家族在胁迫应答中起到调控作用.综上,文章将甘薯、番茄、拟南芥中SHMT基因家族的生物信息学分析及基因表达数据进行了挖掘,对深入研究SHMT基因在甘薯、番茄、拟南芥中的作用具有重要意义.
文献关键词：
丝氨酸羟甲基转移酶(SHMT);生物信息学分析;甘薯;拟南芥;番茄
中图分类号：
作者姓名：
赵玉琪;周志林;唐君;姚改芳;胡康棣;张华
作者机构：
合肥工业大学 食品与生物工程学院,安徽 合肥 230601;江苏徐淮地区徐州农业科学研究所,江苏 徐州 221131
文献出处：
引用格式：
[1]赵玉琪;周志林;唐君;姚改芳;胡康棣;张华-.甘薯、番茄和拟南芥中丝氨酸羟甲基转移酶基因家族功能研究)[J].合肥工业大学学报（自然科学版）,2022(12):1705-1714
A类：
hydroxymethyltransferase,SHMT,AtSHMT
B类：
甘薯,拟南芥,丝氨酸,甲基转移酶,酶基因,基因家族,功能研究,serine,高等植物,一碳代谢,光呼吸,吸过,同源比对,系统进化树分析,motif,蛋白结构域,外显子,内含子,二级结构,三级结构,结构预测,性质分析,核定位序列,nuclear,localization,sequence,NLS,亚细胞定位,定位分析,分析预测,基因结构,同源性,表达量分析,番茄种子,种子发育,开花,果实成熟,胁迫条件,盐胁迫,冷胁迫,热胁迫,胁迫应答,生物信息学分析,基因表达数据
AB值：
0.318251
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