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新型冠状病毒Alpha变异株实验室检测研究
文献摘要：
目的 对一例新冠肺炎境外输入病例进行实验室检测,并对新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coro-navirus 2,SARS-CoV-2)变异株进行鉴定,了解不同样本类型中新冠病毒的检出情况.方法 采集咽拭子、痰液、粪便、尿液和血液多种类型样本共13份,分别提取核酸,用荧光RT-PCR法检测SARS-CoV-2.使用纳米孔MinION Mk1C测序仪,对阳性咽拭子样本进行实时SARS-CoV-2靶向扩增全基因组测序,运用artic-ncov2019、DNAstar和Mega等软件对测定序列进行处理和分析.结果 咽拭子、痰液、粪便、血浆和尿沉渣样本中均检出SARS-CoV-2核酸,咽拭子和血浆样本在发病的前四天均能检出,尿沉渣样本在发病当天能检出.基于纳米孔测序技术,7 h即获得SARS-CoV-2全基因组数据,经分析显示为新冠病毒Alpha变异株.结论 本例境外输入新冠肺炎确诊病例的病原为SARS-CoV-2 Alpha变异株,咽拭子、血浆样本和尿沉渣样本在发病早期均能检出SARS-CoV-2核酸.
文献关键词：
新型冠状病毒;Alpha变异株;血浆;尿沉渣;纳米孔测序技术
中图分类号：
作者姓名：
龚甜;余福平;李健雄;施勇;刘师文;肖芳;熊火梅;肖大瑾;刘晓庆;张艳妮;徐刚;周珺;冉鑫;王倩;熊英
作者机构：
江西省疾病预防控制中心,江西南昌330029;九江市疾病预防控制中心,江西九江332000
文献出处：
引用格式：
[1]龚甜;余福平;李健雄;施勇;刘师文;肖芳;熊火梅;肖大瑾;刘晓庆;张艳妮;徐刚;周珺;冉鑫;王倩;熊英-.新型冠状病毒Alpha变异株实验室检测研究)[J].现代预防医学,2022(14):2652-2655,2688
A类：
Mk1C,artic,ncov2019
B类：
Alpha,变异株,实验室检测,一例,境外输入病例,severe,acute,respiratory,syndrome,coro,navirus,SARS,CoV,本类,新冠病毒,检出情况,咽拭子,痰液,粪便,尿液,多种类型,MinION,子样本,全基因组测序,DNAstar,Mega,尿沉渣,四天,当天,纳米孔测序技术,基因组数据,本例,确诊病例,原为
AB值：
0.274109
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