典型文献
基于自噬相关lncRNA建立子宫颈癌预后风险评估模型
文献摘要：
目的 探讨自噬相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达与子宫颈癌预后的关系,构建子宫颈癌自噬相关lncRNA的预后风险模型.方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载273例子宫颈癌样本的转录组数据和临床资料,在人类自噬数据库(Human Autophagy Database,HADb)获取人类自噬基因列表,用共表达网络筛选出与自噬相关的lncRNA.分别采用单因素和多因素Cox回归分析,找出与子宫颈癌预后相关的自噬lncRNA,用R语言建立风险预测模型.生存分析、风险曲线和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线用以验证模型的准确性,并对模型进行主成分分析(principal component analysis,PCA)以及基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA).结果 共筛选了子宫颈癌相关自噬lncRNA 577个(均r>0.4,均P<0.001).对这577个自噬相关lncRNA进行单因素和多因素Cox分析获得11个与子宫颈癌预后相关的自噬相关lncRNA(ERICH6-AS1、AC027020.2、AC008771.1、ATP2A1-AS1、AC099568.2、AC096992.2、ZNF674-AS1、LINC01943、HCG15、AC004540.2和KMT2E-AS1).根据最佳Akaike Informa-tion Criterion(AIC)构建基于这11个lncRNA的预测模型.多因素Cox比例风险回归分析表明,该模型获得的风险评分是子宫颈癌良好的独立预后因素(HR=1.103,95％CI:1.071～1.136,P<0.01).低风险患者预后优于高风险患者(P<0.05).该模型ROC曲线的曲线下面积为0.836.GSEA和PCA分析均表明,以自噬状态能较好区分低风险和高风险患者.结论 基于自噬相关lncRNA建立的预测模型预测效能好,准确性高,可为子宫颈癌预后不良个体的鉴别提供参考.
文献关键词：
子宫颈癌;自噬相关lncRNA;预后;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
刘兴华;林泳煌;陈东宇;樊文龙;王红心;杨晓雨;何玉清
作者机构：
广东医科大学公共卫生学院,广东东莞 523808;广东医科大学寮步医院皮肤科,广东 东莞 523400
文献出处：
引用格式：
[1]刘兴华;林泳煌;陈东宇;樊文龙;王红心;杨晓雨;何玉清-.基于自噬相关lncRNA建立子宫颈癌预后风险评估模型)[J].实用肿瘤杂志,2022(06):514-521
A类：
ERICH6,AC027020,AC008771,ATP2A1,AC099568,AC096992,ZNF674,LINC01943,HCG15,AC004540,KMT2E
B类：
lncRNA,子宫颈癌,风险评估模型,关长,长链非编码,long,coding,预后风险模型,癌症基因组图谱,Cancer,Genome,Atlas,TCGA,下载,例子,转录组数据,Human,Autophagy,Database,HADb,自噬基因,列表,共表达网络,Cox,风险预测模型,生存分析,风险曲线,受试者工作特征,receiver,operating,characteristic,验证模型,principal,component,analysis,基因集富集分析,gene,set,enrichment,GSEA,AS1,Akaike,Informa,tion,Criterion,AIC,风险评分,独立预后因素,低风险,高风险患者,预测效能,预后不良
AB值：
0.27476
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