典型文献
基于RNA测序数据筛选与呼吸道合胞病毒毛细支气管炎疾病严重程度相关的核心基因
文献摘要:
目的:通过RNA测序(RNA-sequencing, RNA-seq)获取表达数据,并通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选与呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)毛细支气管炎患儿疾病严重程度相关的核心基因,为预测RSV感染病情提供参考。方法:将2019年10月1日—2020年2月29日在温州医科大学附属第二医院住院的22例RSV毛细支气管炎患儿作为病例组,根据病情分为轻度组、中度组及重度组,以22例健康儿童作为对照组,收集全血白细胞总RNA进行RNA-seq,比较不同严重程度患儿与对照组的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),寻找与疾病严重程度相关的基因共表达模块,筛选能评估疾病严重程度的生物学指标。结果:22例患儿中位年龄3个月,男19例,女3例,对照组中位年龄4个月,男14例,女8例,两组年龄及性别差异无统计学意义。轻度组8例,中度组和重度组各7例。通过显著性分析发现轻度组有416个DEGs,中度组有586个,重度组有846个。根据WGCNA分析发现10个共表达模块,其中棕色模块与疾病严重程度存在明显相关性(
r=0.62,
P<0.001)。进一步对棕色模块中的DEGs进行蛋白质互作(protein-protein interaction, PPI)网络构建并根据基因节点的连接度筛选出前30个核心基因,其中关联度较大的为基因
RBX1和
PSMA7。
RBX1、
PSMA7基因在重度组中表达上调,在轻、中度组中的表达与对照组比较差异无统计学意义。
结论:RBX1和
PSMA7基因可能是RSV毛细支气管炎疾病严重度的生物学预测指标。
文献关键词:
RNA测序;加权基因共表达网络分析;呼吸道合胞病毒;毛细支气管炎;疾病严重程度
中图分类号:
作者姓名:
翁婷婷;王乐颖;李海燕;梁春婵;刘振伟;董琳
作者机构:
温州医科大学附属第二医院、育英儿童医院儿童呼吸科,温州 325027;温州医科大学基因组医学研究院,温州 325025
文献出处:
引用格式:
[1]翁婷婷;王乐颖;李海燕;梁春婵;刘振伟;董琳-.基于RNA测序数据筛选与呼吸道合胞病毒毛细支气管炎疾病严重程度相关的核心基因)[J].中华微生物学和免疫学杂志,2022(05):396-403
A类:
RBX1,PSMA7
B类:
序数,数据筛选,呼吸道合胞病毒,毛细支气管炎,疾病严重程度,核心基因,sequencing,加权基因共表达网络分析,weighted,co,expression,network,analysis,WGCNA,respiratory,syncytial,virus,RSV,感染病,温州,医院住院,情分,健康儿童,全血,不同严重程度,差异表达基因,differentially,expressed,genes,DEGs,生物学指标,性别差异,显著性分析,棕色,protein,interaction,PPI,网络构建,连接度,严重度,预测指标
AB值:
0.206279
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