典型文献
5种海水养殖石首鱼类肠道菌群多样性的比较
文献摘要：
为探究海水养殖石首鱼类肠道菌群的结构特征及宿主遗传因素对肠道菌群的影响,实验采用基于Illumina Hiseq2500测序平台的高通量测序技术,对福建宁德三都澳养殖的5种石首鱼类(大黄鱼、黄姑鱼、状黄姑鱼、和眼斑拟石首鱼)的肠道菌群进行16S rDNA V3～V4区测序分析.各样本得到unique tags的数目为20351～43347个,上述5种鱼类分别得到479、626、603、518和556个操作分类单元(OTUs),分类注释结果显示,这些OTUs可划归33门273属.5种石首鱼类肠道内容物和肠道壁样品均以变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门细菌为主要优势菌群,约占总菌量的70％,在大黄鱼肠道菌群中,螺旋菌门细菌占比达26.19％,也是其主要优势菌群.在属分类水平上,芽孢杆菌属、发光杆菌属、弧菌属、金黄杆菌属、鞘氨醇单胞菌属及假单胞菌属等属细菌是5种养殖石首鱼类的主要类别.肠道菌群多样性的分析表明,Shannon多样性指数:黄姑鱼>状黄姑鱼>眼斑拟石首鱼>>大黄鱼,这些养殖石首鱼类的肠道内容物菌群的多样性均高于肠道壁.对上述鱼类种间的肠道菌群差异性分析显示,大黄鱼与眼斑拟石首鱼之间肠道菌群的相似度要高于黄姑鱼、状黄姑鱼和,而黄姑鱼、状黄姑鱼和间的相似度较高.研究表明,5种海水养殖石首鱼类肠道菌群中存在自身特色的核心菌群,肠道菌群结构的差异与种类间的系统进化关系相似,说明肠道菌群结构与宿主遗传因素密切相关.本研究可为养殖石首鱼类饲料及益生制剂的开发、病害的防控等提供科学依据,并为宿主遗传因素对鱼类肠道菌群影响的研究提供相关实验证据.
文献关键词：
石首鱼;肠道;菌群结构;16S rDNA
中图分类号：
作者姓名：
林能锋;龚晖;许斌福;潘滢;曾红
作者机构：
宁德富发水产有限公司,大黄鱼育种国家重点实验室,福建 宁德 352100;福建省农业科学院生物技术研究所,福建 福州 350003;福建师范大学生命科学学院,南方海洋研究院,福建 福州 350117
文献出处：
引用格式：
[1]林能锋;龚晖;许斌福;潘滢;曾红-.5种海水养殖石首鱼类肠道菌群多样性的比较)[J].水产学报,2022(09):1701-1712
A类：
石首鱼类
B类：
海水养殖,肠道菌群多样性,宿主,遗传因素,Illumina,Hiseq2500,测序平台,高通量测序技术,建宁,宁德,三都澳,大黄鱼,黄姑鱼,16S,rDNA,V3,V4,测序分析,unique,tags,操作分类单元,OTUs,划归,肠道内容物,变形菌门,拟杆菌门,和厚壁,厚壁菌门,主要优势,优势菌群,菌量,鱼肠,螺旋菌,比达,芽孢杆菌属,发光杆菌,弧菌,金黄杆菌属,鞘氨醇单胞菌属,假单胞菌属,种养,Shannon,多样性指数,种间,菌群差异,差异性分析,核心菌群,肠道菌群结构,系统进化,进化关系,益生
AB值：
0.231196
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