典型文献
粪便样本不同保存方式对肠道菌群测序结果的影响
文献摘要：
[目的]本文探究了3种室温保存剂和-80℃C冷冻保存对粪便样本中菌群结构的影响,为大规模、标准化的采样提供参考.[方法]本研究采集了5名健康志愿者的新鲜粪便作为测试样本,采用4种不同的保存方式保存:DETs室温保存、GITC室温保存、RNAlater室温保存和-80℃冷冻保存,在保存0、1、3、7、14、28 d后,采用高通量测序技术测定样本中微生物16S rRNA基因V3-V4区序列,通过比较不同保存剂、不同保存时间后的样本与新鲜样本的差异,分析保存剂和保存时间对粪便样本菌群组成及丰度的影响.[结果]5组样本共得到489个操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs),其中488个OTUs为5组所共有,且样本alpha多样性无统计学差异.从属水平上看,与fresh组(新鲜样本)相比,DETs组的拟杆菌属相对丰度显著升高,且部分OTUs在保存超过3d后发生明显变化;其余保存方式无显著差异.综合分析微生物群落多样性和丰度,结果表明,在保存不同天数后,4种保存方式的样本与fresh组的菌群结构均无显著差异,其中-80℃保存的样本与fresh组样本菌群结构相似程度最高,但不同志愿者与各自新鲜样本的相似程度变化较大,且整体相似程度随着时间的推移与fresh组差异呈下降趋势;而使用DTEs保存剂和GITC保存剂保存的样本,志愿者个体间差异小,保存效果稳定,且随时间变化小.聚类分析结果表明,无论使用哪种保存方式,保存方式和时间带来的差异均小于志愿者个体间的差异.[结论]在满足低温冷冻保存条件时优先选择-80℃冷冻保存粪便样本,无法满足立即冷冻保存的条件时,可以选择添加保存剂室温保存,且GITC保存剂优于其他保存剂.
文献关键词：
粪便样本;室温保存;肠道菌群;保存剂;高通量测序
中图分类号：
作者姓名：
范馨月;陈璐萍;朱金滔;律娜;朱宝利
作者机构：
中国科学院微生物研究所,中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室,北京100101;中国科学院大学存济医学院,北京100049;病原微生物耐药与耐药基因组学北京市重点实验室,北京100101;西南医科大学基础医学院,四川泸州646000
文献出处：
引用格式：
[1]范馨月;陈璐萍;朱金滔;律娜;朱宝利-.粪便样本不同保存方式对肠道菌群测序结果的影响)[J].微生物学报,2022(02):520-532
A类：
保存剂,DETs,GITC,RNAlater,DTEs
B类：
粪便样本,保存方式,肠道菌群,室温保存,冷冻保存,菌群结构,健康志愿者,高通量测序技术,16S,rRNA,V3,V4,保存时间,菌群组成,操作分类单元,operational,taxonomic,units,OTUs,alpha,统计学差异,从属,fresh,拟杆菌属,属相,相对丰度,3d,微生物群落多样性,结构相似,相似程度,自新,个体间差异,保存效果,哪种,低温冷冻,保存条件,优先选择,足立
AB值：
0.216316
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