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一化性柞蚕雌性个体基因组特征分析
文献摘要：
目前,一化性柞蚕基因组图谱不完整,缺W染色体未被组装,而W染色体是柞蚕雌性个体最重要的一条性染色体.为辅助柞蚕雌性个体基因组组装策略的制定,基于二代高通量测序,结合划动窗口统计、k-mer曲线拟合及基因组从头组装等手段,对柞蚕雌性个体基因组的GC含量、杂合度、基因组大小等特征进行了分析.结果发现一化性柞蚕雌性个体基因组GC含量约为36％,杂合度约为1.25％,从头组装获得的基因组由852 519条scaffold组成,总大小约为760 Mb.说明一化性柞蚕雌性个体基因组属于高复杂度基因组,单纯二代数据组装的基因组质量较差,需要利用三代测序及染色体构象捕获技术,保证将来雌性个体基因组组装质量.
文献关键词：
柞蚕;雌性个体;基因组;杂合度;GC含量;测序
中图分类号：
作者姓名：
乔娇灵;朱绪伟;段竹君;李莹;杨新峰;段建平
作者机构：
南阳师范学院,河南南阳 473061;河南省蚕业科学研究院,河南郑州 450008
文献出处：
引用格式：
[1]乔娇灵;朱绪伟;段竹君;李莹;杨新峰;段建平-.一化性柞蚕雌性个体基因组特征分析)[J].中国蚕业,2022(02):24-27
A类：
B类：
柞蚕,雌性个体,基因组特征,基因组图谱,性染色体,基因组组装,二代高通量测序,划动,mer,曲线拟合,从头组装,杂合度,基因组大小,scaffold,Mb,三代测序,染色体构象捕获,组装质量
AB值：
0.255396
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