典型文献
河蟹螺原体非编码RNA及其毒力靶标的多组学系统挖掘
文献摘要：
我国是世界最大水产养殖国,每年甲壳动物因病害造成的经济损失约为70亿元.其中,螺原体(Spiroplosma)是甲壳动物重要的致病菌之一,可造成虾蟹大面积死亡,已列入农业农村部三类疫病.非编码RNA(ncRNA)广泛存在于细菌中,其主要通过碱基配对识别靶标mRNA在转录后水平调节基因的表达,部分ncRNAs通过与蛋白质相互作用而影响蛋白质功能.近年研究表明,细菌ncRNAs在毒力调控中扮演极为重要的角色.为了研究河蟹螺原体ncRNAs在甲壳动物致病中的分子调控作用,需系统筛选鉴定螺原体感染相关的ncRNAs和毒力靶标.通过比较基因组、差异转录组、定量蛋白质组、系统生物学和分子相互作用联合研究得到:整合基因组和转录组挖掘得到河蟹螺原体ncRNAs共54个;在体内感染和体外培养的不同时期,利用数字基因表达谱分析分别得到11个和28个差异显著ncRNAs;利用4款生物软件预测ncRNAs靶标,取交集得到423个;利用定量蛋白质组检测,鉴定出68个差异毒力蛋白,这些差异毒力蛋白与ncRNAs的30个毒力靶标中的21个相同;利用网络生物学分析得到主要的节点Hub-ncRNA共有6个;利用RNA pull-down、原核链特异性测序和LC-MS/MS综合分析,得到重要节点ncRNA SR05的互作RNA 53个、互作蛋白质120个.相关研究成果,可为诠释河蟹螺原体致病机制及其与宿主相互作用机制奠定基础,为虾蟹该疾病的综合防治提供科学依据.
文献关键词：
河蟹螺原体;非编码RNA;毒力靶标;多组学
中图分类号：
作者姓名：
欧江涛;栾筱琪;卞云霞;蒋启程;孟玉锁;董惠姿;王资生
作者机构：
盐城工学院海洋与生物工程学院 盐城 224051;南京师范大学海洋科学与工程学院 南京 210023
文献出处：
引用格式：
[1]欧江涛;栾筱琪;卞云霞;蒋启程;孟玉锁;董惠姿;王资生-.河蟹螺原体非编码RNA及其毒力靶标的多组学系统挖掘)[J].中国生物工程杂志,2022(11):163-178
A类：
河蟹螺原体,毒力靶标,Spiroplosma,网络生物学,SR05
B类：
非编码,多组学,系统挖掘,大水,水产养殖,甲壳动物,因病,失约,致病菌,虾蟹,农业农村部,疫病,碱基配对,平调,ncRNAs,蛋白质相互作用,蛋白质功能,毒力调控,分子调控,筛选鉴定,比较基因组,转录组,蛋白质组,系统生物学,分子相互作用,联合研究,体外培养,数字基因表达谱,表达谱分析,软件预测,交集,毒力蛋白,利用网络,生物学分析,Hub,pull,down,原核,LC,重要节点,互作蛋白,致病机制,宿主,相互作用机制,综合防治
AB值：
0.258776
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