典型文献
三种DNA提取方法对半滑舌鳎肠道菌群高通量测序结果的影响
文献摘要：
本研究旨在分析不同DNA提取方法对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)肠道菌群结构分析结果的影响,并了解健康半滑舌鳎肠道菌群结构特征.通过溶菌酶结合超声波裂解法(CLU)、Zirmil-beating细胞破碎方法(ZBC)和QIA商业试剂盒三种方法提取半滑舌鳎肠道菌群基因组DNA,采用Illumina MiSeq高通量测序分析三种方法提取的样品DNA,比较其菌群结构特征和多样性.结果显示,三种方法提取的样品经检测共得到7516个OTU,而且鉴定的优势菌门一致,主要包括变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋菌门(Spirochaetae)、拟杆菌门(Bacteroidetes).通过Alpha多样性指数分析,CLU、ZBC、QIA方法对应的Chao1指数分别为5668、5868、4090;Simpson指数分别为0.021、0.022、0.018,QIA方法的Chao1和Simpson指数均低于其他两种方法.基于UniFrac距离矩阵进行Beta多样性分析显示CLU和QIA方法提取的样品之间的微生物群落结构和物种丰富度更相似.本研究表明不同方法提取的DNA经高通量测序分析鉴定到的主要优势菌群类别一致,但对一些丰度较低的菌群类别鉴定时存在偏差.
文献关键词：
高通量测序;DNA提取方法;半滑舌鳎;肠道菌群;组成结构
中图分类号：
作者姓名：
葛仑华;江博赟;孙敬锋;吕爱军;胡秀彩;陈丽梅
作者机构：
天津农学院 水产学院,天津 300392
文献出处：
引用格式：
[1]葛仑华;江博赟;孙敬锋;吕爱军;胡秀彩;陈丽梅-.三种DNA提取方法对半滑舌鳎肠道菌群高通量测序结果的影响)[J].天津农学院学报,2022(03):29-35
A类：
菌酶结合,Zirmil,QIA,Spirochaetae
B类：
半滑舌鳎,肠道菌群高通量测序,Cynoglossus,semilaevis,肠道菌群结构,溶菌酶,CLU,beating,细胞破碎,ZBC,试剂盒,三种方法,Illumina,MiSeq,高通量测序分析,经检测,OTU,变形菌门,Proteobacteria,厚壁菌门,Firmicutes,螺旋菌,拟杆菌门,Bacteroidetes,Alpha,多样性指数,指数分析,Chao1,Simpson,UniFrac,距离矩阵,Beta,多样性分析,微生物群落结构,物种丰富度,不同方法,分析鉴定,主要优势,优势菌群,组成结构
AB值：
0.312322
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
