目的:探索在消化道上皮源性肿瘤单细胞转录组测序(简称单细胞测序)中提高组织单细胞悬液中上皮细胞占比的方法,以改善检测样本质量.方法:分析GEO公共数据库内常见消化道上皮源性肿瘤(胃癌、结肠直肠癌及胰腺癌)单细胞转录组测序数据集中的上皮细胞组分占比.比较传统酶消化法以及酶消化后辅以上机前机械性物理吹打法(改良法)处理后单细胞悬液中上皮细胞占比和细胞活力差异.结果:分析公共数据库内数据显示,4份正常胃上皮及胃癌样本的上皮细胞占比为17.05％、6.11％、8.93％和14.66％;2份结肠直肠癌上皮细胞占比为3.86％和16.60％;2份胰腺癌上皮细胞占比为3.22％和21.37％.对2份新鲜采集的胃癌样本,采用传统酶消化法制备单细胞悬液的细胞结团率为56.26％±1.98％和38.34％±1.26％,细胞活力检测提示活细胞占比分别为98.43％±0.56％和97.24％±0.48％;而对传统酶消化法处理后的单细胞悬液在上机前用0.33 mm规格的胰岛素注射器施以机械性吹打操作30 s,可使单细胞悬液的上皮结团率降至22.78％±1.38％和14.46％±0.92％(P均<0.0001);活细胞占比分别为95.16％±0.42％和93.52％±0.82％(P<0.05).结论:在采用传统酶消化后辅以机械性物理吹打法的组织样本前处理操作,可减少上皮细胞结团,从而提高单细胞悬液中的上皮细胞占比,活细胞占比虽有小幅下降,但可满足上机要求.

单细胞转录组测序;胃癌;结直肠癌;胰腺癌;样本前处理;细胞结团率

杨蕊馨;杜宇童;燕然林;朱正纲;李琛;于颖彦

上海交通大学医学院附属瑞金医院普外科,上海消化外科研究所,上海 200025

诊断学理论与实践

[1]杨蕊馨;杜宇童;燕然林;朱正纲;李琛;于颖彦-.消化道肿瘤单细胞转录组测序研究中生物样本前处理改良的探索)[J].诊断学理论与实践,2022(05):567-574

细胞结团率

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