典型文献
基于高通量测序技术分析奶牛场垫沙和橡胶垫卧床中的菌群差异
文献摘要：
为探究奶牛场沙土垫层和橡胶垫层菌群特征及差异,分别采集四川省两个规模化奶牛场的沙土垫层样本和橡胶垫层样本各6份,利用高通量测序技术对16S rRNA基因的V4区进行测序和生物信息学分析.结果显示,两个奶牛场的卧床垫层12个样本共获得1443818条优化序列(clean reads),将相似度为97％的有效序列进行操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)聚类,共得到2311个OTUs.在属分类水平上,沙土垫层优势菌属为不动杆菌属(Acinetobacter)、海杆菌属(Marinobacter)、里氏杆菌属(Riemerella)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、节杆菌属(Arthrobacter);橡胶垫层优势菌属为棒状杆菌属(Corynebacterium)、藤黄单胞菌属(Luteimonas)、梭杆菌属(Fusobacterium)、盐单胞菌属(Halomonas)、弧菌属(Vibrio).沙土垫层样本中不动杆菌属(Acinetobacter)、里氏杆菌属(Riemerella)的相对丰度显著高于橡胶垫层样本(P<0.05),橡胶垫层样本中梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于沙土垫层样本(P<0.05).Chao指数、Ace指数、Shannon指数、Simpson指数在两组之间差异均不显著(P>0.05).结果表明,沙土样本间的菌群差异大于橡胶垫层样本,无论是沙土垫层还是橡胶垫层,均存在环境条件致病菌.
文献关键词：
奶牛;环境性病原菌;高通量测序;微生物菌群
中图分类号：
作者姓名：
吕倩;骆巧;罗雪;陈久兵;马莉;罗正中;姚学萍;余树民;沈留红;曹随忠
作者机构：
四川农业大学 动物医学院,四川 成都611130;重庆三峡职业学院 动物科技学院,重庆404155
文献出处：
引用格式：
[1]吕倩;骆巧;罗雪;陈久兵;马莉;罗正中;姚学萍;余树民;沈留红;曹随忠-.基于高通量测序技术分析奶牛场垫沙和橡胶垫卧床中的菌群差异)[J].浙江农业学报,2022(07):1377-1385
A类：
Luteimonas,环境性病原菌
B类：
高通量测序技术,橡胶垫,卧床,菌群差异,沙土,垫层,菌群特征,规模化奶牛场,16S,rRNA,V4,生物信息学分析,床垫,共获,优化序,clean,reads,将相,操作分类单元,operational,taxonomic,units,OTUs,优势菌,不动杆菌属,Acinetobacter,海杆,Marinobacter,里氏,氏杆菌,Riemerella,棒状杆菌,Corynebacterium,节杆菌属,Arthrobacter,藤黄,黄单胞菌,梭杆菌属,Fusobacterium,盐单胞菌,Halomonas,弧菌,Vibrio,相对丰度,Chao,Ace,Shannon,Simpson,存在环境,条件致病菌,微生物菌群
AB值：
0.316443
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