为了探究Tc1/Mariner转座子超家族对褶皱臂尾轮虫(Brachionus plicatilis)基因组结构和基因表达调控的影响,本研究基于褶皱臂尾轮虫的基因组和转录组数据,对褶皱臂尾轮虫的重复序列进行了注释,并对褶皱臂尾轮虫的转座子的表达和其临近基因的表达进行了统计和富集,在基因上下游及内部区域富集到了10个转座子家族(其中3个家族属于Tc1/Mariner超家族).在针对褶皱臂尾轮虫的Tc1/Mariner超家族分析中,共发现其7个亚家族:Tc1(DD34E)、Tc2(DD35D)、Mariner(DD34D)、Pogo(DDxD)、Sagan(DD30D)、Tigger(DD32/36D)和Fot1(DD30D),并主要分布在基因间区,对转座酶催化区域的结构和系统发育分析显示拥有完整转座酶的3个亚家族(T c1、T c2和Po go)保守性强且聚类情况良好.基于转录组数据发现各个家族的表达模式较为相似,在雄性阶段表达较高.Tc1/M ariner超家族临近基因的功能大量涉及到环境信息处理和生物发育调节,反映了褶皱臂尾轮虫基因组对环境的适应.本研究通过对褶皱臂尾轮虫Tc1/Mariner转座子超家族在基因组中的进化和表达进行系统分析,为从功能角度认知Tc1/Mariner转座子并理解Tc1/Mariner对基因组进化的作用提供了新的线索.

褶皱臂尾轮虫;Tc1/Mariner;转座子;系统发育;表达分析

范正杰;王玉珏;张全启

中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室,山东 青岛 266003;青岛海洋科学与技术试点国家实验室 海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室,山东 青岛 266237;中国海洋大学三亚海洋研究院 海南省热带水产种质重点实验室,海南 三亚 572000

中国海洋大学学报（自然科学版）

[1]范正杰;王玉珏;张全启-.Tc1/Mariner转座子超家族在褶皱臂尾轮虫中的进化和表达分析)[J].中国海洋大学学报（自然科学版）,2022(04):62-74

DD34E,DD35D,DD34D,Pogo,DDxD,Sagan,DD30D,Tigger,DD32,36D,Fot1,ariner

Tc1,Mariner,转座子,超家族,褶皱臂尾轮虫,表达分析,Brachionus,plicatilis,基因组结构,基因表达调控,转录组数据,重复序列,上下游,族属,家族分析,亚家族,Tc2,转座酶,酶催化,系统发育分析,保守性,表达模式,环境信息,信息处理,发育调节,基因组进化

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