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G蛋白偶联受体34同源建模及其与lysoPS类似物对接研究
文献摘要:
G蛋白偶联受体34(GPR34)在肥大细胞、肿瘤组织和人体免疫器官中高度选择性表达,但因属于膜蛋白,其三维结构难以测定,不能从分子水平上分析其与药物作用情况.本文选用PDB数据库中与GPR34一级序列同源性最高的4NTJ为模版蛋白进行同源建模,运用拉氏图和Profile-3D进行评估,通过加膜限制和loop区能量优化等方法最终得到合理并且可信度高的3D结构模型.最优模型Verify Score为124.97(期望Verify Score值区间为69.0711~153.491),预测分析得到14个可能的活性位点.通过最陡下降法和共轭梯度法构建GPR34激动剂分子的最低能量结构,将激动剂分子与预测的蛋白3D结构模型上的活性位点进行分子模拟对接,根据对接模型比较不同激动剂分子与不同蛋白活性位点的相互作用.实验结果对设计GPR34激动剂分子和进一步研究GPR34的结构和功能具有理论指导意义.
文献关键词:
G偶联蛋白受体34;同源建模;活性位点;分子对接
中图分类号:
作者姓名:
姜媛;肖冰茹;曹洪玉
作者机构:
大连大学生命科学与技术学院,辽宁 大连 116622;大连大学医学院,辽宁 大连 116622
文献出处:
引用格式:
[1]姜媛;肖冰茹;曹洪玉-.G蛋白偶联受体34同源建模及其与lysoPS类似物对接研究)[J].化学研究与应用,2022(04):722-729
A类:
lysoPS,GPR34,4NTJ,Verify
B类:
偶联,同源建模,类似物,对接研究,肥大细胞,肿瘤组织,人体免疫,免疫器官,膜蛋白,其三,三维结构,分子水平,药物作用,PDB,序列同源性,模版,行同,Profile,loop,能量优化,可信度,最优模型,Score,预测分析,活性位点,降法,共轭梯度法,激动剂,低能量,分子模拟,模拟对接,模型比较,蛋白活性,结构和功能,分子对接
AB值:
0.336008
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