典型文献
基于高密度SNP标记重构猪多品种群体系谱
文献摘要：
系谱是动物育种的重要信息来源,本研究旨在探究高密度SNP标记重构系谱在生产群体中的效果,填补使用高密度SNP信息重构多品种、大规模真实生产猪群的空白.本研究利用Illumina GeneSeek GGP Porcine 50K芯片对四川某猪场2017-2021年出生的1 471头曾祖代纯种杜洛克猪(n=986)和长白猪(n=485)进行分型,通过共祖片段法(common ancestor fragment method)分析上述两个品种群体内基因组亲缘关系,由此分别重构两品种群体系谱.同时选取有个体芯片分型信息及系谱记录的115头种猪,通过严格控制生产操作流程保证其系谱记录准确无误,用以评价准确性.结果表明,基于共祖片段法利用基因组信息可以同时推断多代次、品种混合的真实生产群体内个体对间的共祖片段分布情况及比例,且较状态相同片段(identical by state,IBS)能更准确的区分个体间亲缘关系,借此判断个体间亲缘关系并进一步推断家系结构.同时该方法在115头种猪的验证群体中共推断出702对亲缘关系,包括系谱记录的全部亲子关系对(n=184)、全同胞对(n=175)、半同胞关系对(n=109)和祖孙关系对(n=18),同时较记录系谱能额外推断出个体间未记录的三级亲缘关系(n=8)和四级亲缘关系(n=18).其重构的系谱较常见三代系谱能更清晰地体现家系内个体间亲缘关系.本研究所用基于血缘同源(identity by descent,IBD)片段法(即共祖片段法)分析高密度SNP标记重构多品种群体系谱的方法可快速、简便的判断多品种混合群体的系谱正确性,可对丢失系谱的个体重构系谱,为选种选配、计算育种值及GWAS挖掘等育种工作提供基础.
文献关键词：
亲子鉴定;系谱校正;遗传标记;动物育种;IBD片段
中图分类号：
作者姓名：
杨雨婷;张兴;牛安然;闫之春;龚华忠;丁偌楠;马黎
作者机构：
新希望六和养猪研究院数据与算法实验室,成都610095;新希望六和养猪研究院,青岛266100;新希望六和育种事业部,成都610095;德州市现代生猪养殖技术创新中心,德州263000
文献出处：
引用格式：
[1]杨雨婷;张兴;牛安然;闫之春;龚华忠;丁偌楠;马黎-.基于高密度SNP标记重构猪多品种群体系谱)[J].畜牧兽医学报,2022(12):4183-4196
A类：
GeneSeek,家系结构,系谱校正
B类：
SNP,多品种,品种群,动物育种,重要信息,信息来源,信息重构,猪群,研究利用,Illumina,GGP,Porcine,50K,猪场,曾祖,祖代,纯种,杜洛克猪,长白猪,common,ancestor,fragment,method,群体内,亲缘关系,两品,种猪,严格控制,生产操作,操作流程,准确无误,法利,基因组信息,多代,identical,by,state,IBS,分个,共推,推断出,亲子关系,同胞关系,祖孙,外推,未记录,四级,血缘,identity,descent,IBD,合群,选种,选配,育种值,GWAS,育种工作,亲子鉴定,遗传标记
AB值：
0.396432
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