典型文献
构建与细胞焦亡和坏死性凋亡相关预后模型预测肝癌预后
文献摘要：
目的 构建与焦亡和坏死性凋亡相关用于预测肝癌预后的模型.方法 通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)获得的肝癌和非肝癌样本RNA测序数据以及相应的临床信息.通过GeneCards数据库检索得到关于焦亡和坏死性凋亡相关基因,R包"limma"筛选差异基因,R包"ConsensusClusterPlus"对肝癌进行聚类分型.之后再筛选不同肝癌分型之间的差异基因.基于差异基因,利用LASSO Cox回归筛选基因来构建预后模型.根据中位风险评分将肝癌患者分成高低风险组,两组间进行主成分(Principal Component Analysis,PCA),t分布随机邻域嵌入(t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding,t-SNE),总生存时间(Overall Survival,OS)和受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic,ROC)分析.结果 通过一致性聚类分析将肝癌患者分为C1,C2两种分型,分型的OS高于C2分型的OS且有统计学差异(P＜0.001).筛选两分型间有关焦亡和坏死性凋亡相关差异基因,构建预后模型将肝癌患者分为低、高风险组,两组间OS有显著差异(P＜0.001).对风险评分进行独立预后分析,结果表明风险评分可作为独立因素预测肝癌预后,风险评分越高,肝癌患者预后越差(单因素 HR=4.846,95％CI:2.950～7.971;多因素HR=4.227,95％CI:2.499～7.149.结论 本研究确定了与焦亡和坏死性凋亡相关的,可以独立预测肝癌患者的预后模型,包含九个基因(CASP8、TREM2、SQSTM1、ADORA1、ADORA2B、PARP1、MKI67、GLMN 和 POP1).
文献关键词：
肝癌;细胞焦亡;坏死性凋亡;预后
中图分类号：
作者姓名：
赵晓田;郝岩;陈淑婷;成颖;沈永梅;仇玉兰
作者机构：
山西医科大学公共卫生学院卫生毒理学教研室,山西太原030001;山西医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室
文献出处：
引用格式：
[1]赵晓田;郝岩;陈淑婷;成颖;沈永梅;仇玉兰-.构建与细胞焦亡和坏死性凋亡相关预后模型预测肝癌预后)[J].现代预防医学,2022(19):3621-3626
A类：
ConsensusClusterPlus,ADORA2B,GLMN,POP1
B类：
细胞焦亡,坏死性凋亡,预后模型,癌症基因组图谱,Cancer,Genome,Atlas,TCGA,序数,临床信息,GeneCards,数据库检索,凋亡相关基因,limma,差异基因,聚类分型,LASSO,Cox,风险评分,肝癌患者,低风险组,Principal,Component,Analysis,分布随机邻域嵌入,Distributed,Stochastic,Neighbor,Embedding,SNE,总生存时间,Overall,Survival,OS,受试者工作特征曲线,Receiver,Operating,Characteristic,一致性聚类,C1,C2,统计学差异,两分,高风险组,预后分析,九个,CASP8,TREM2,SQSTM1,ADORA1,PARP1,MKI67
AB值：
0.358616
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