典型文献
传染病暴发疫情中传播动力学参数计算及疫情规模预测实现——基于R
文献摘要：
目的 以美国新型冠状病毒肺炎(COVID-19)数据为例,利用R软件演示暴发疫情处置中代间隔(SI)、基本再生数(R0)、有效再生数(Re)、倍增时间和疫情规模的计算,为今后暴发疫情处置提供参考.方法 收集美国2020年2月27日至2020年11月30日 COVID-19逐日发病数据、国内2起疫情170对感染者与被感染者的代间隔(SI)数据.采用"fitdistrplus"包自助法对SI数据拟合"gamma"分布,得到SI均数和标准差.采用指数增长(EG)、极大似然法(ML)、序贯贝叶斯估计(SB)、时间相关再生数(TD)4种方法,利用获取的SI计算R0,选择拟合效果最好的作为R.估计值,评价指标选择R2.倍增时间基于EG的指数增长率进行换算.利用"EpiEstim"包计算Re;利用SEIARD模型估计不采取任何干预措施美国未来的病例数,用"deSolve"、"FME"包.结果170对感染者与被感染者数据拟合得到SI=4.78(95％CI:4.27～5.31),标准差sd=3.56.EG、ML、SB、TD 拟合 R0 依次为 2.31(95％CI:2.30～2.31)、1.96(95％CI:1.95～1.97)、3.01(95％CI:2.53～3.55)、3.07(95％CI:2.20～4.22),R2依次为0.95、0.73、0.99、0.96.倍增时间为3.75 d(3.74～3.77 d).利用SEIARD估计理想状态下美国将于2020年5月30日全民感染,至2021年6月7日所有感染者清零,累计死亡5 502466人.结论 利用R软件能对R0等传播动力学参数、疫情规模快速计算,在暴发处置中值得学习使用.动力学参数、疫情规模快速计算,在暴发处置中值得学习使用.
文献关键词：
代间隔;基本再生数;有效再生数;SEIARD;新型冠状病毒肺炎
中图分类号：
作者姓名：
刘天;侯清波;姚梦雷;黄继贵;陈红缨
作者机构：
荆州市疾病预防控制中心传染病防治所,湖北荆州434000;湖北省疾病预防控制中心,湖北武汉430079
文献出处：
引用格式：
[1]刘天;侯清波;姚梦雷;黄继贵;陈红缨-.传染病暴发疫情中传播动力学参数计算及疫情规模预测实现——基于R)[J].疾病监测,2022(09):1211-1215
A类：
fitdistrplus,EpiEstim,SEIARD,deSolve
B类：
传染病暴发,暴发疫情,传播动力学,动力学参数,参数计算,规模预测,演示,疫情处置,中代,代间隔,SI,基本再生数,R0,有效再生数,Re,倍增时间,集美,逐日,发病数,感染者,自助法,数据拟合,gamma,均数,EG,极大似然法,ML,序贯贝叶斯,贝叶斯估计,SB,TD,拟合效果,估计值,指标选择,指数增长率,换算,模型估计,采取任何,何干,FME,sd,有感,清零,快速计算,中值
AB值：
0.326505
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