典型文献
黑曲霉木质纤维素降解酶基因的可变剪接分析及验证
文献摘要：
黑曲霉Aspergillus niger因能够产生大量的木质纤维素降解酶而在木质纤维素资源利用中发挥重要作用.目前,有关黑曲霉基因组中与木质纤维素降解相关的基因是否存在可变剪接的情况尚不清楚.本研究以黑曲霉CBS513.88菌株为研究对象,采用rMATS和ABLas两种方法对黑曲霉在葡萄糖为唯一碳源(G组)和小麦秸秆为唯一碳源(WS组)下的56个木质纤维素降解酶基因的可变剪接事件进行分析,并通过RT-PCR扩增和内含子特异性扩增对3个典型基因的可变剪接体进行了验证.结果表明,ABLas可变剪接分析算法相较于rMATS分析算法更为准确,ABLas分析算法显示G组和WS组共有21个木质纤维素降解酶基因出现了可变剪接,可变剪接类型以内含子保留(IR)为主,占所有可变剪接事件的82.85％.另外,G组和WS组发生可变剪接的木质纤维素降解酶基因也有所不同:G组发生可变剪接的基因为13个,WS组发生可变剪接的基因为14个,两组都发生可变剪接的基因为6个,这表明黑曲霉木质纤维素降解酶基因的可变剪接在不同生长条件下存在差异,另一方面,黑曲霉中众多可变剪接体的存在也为开发新型的木质纤维素降解酶资源提供基础.
文献关键词：
黑曲霉;木质纤维素降解酶;RNA-seq;可变剪接;内含子保留
中图分类号：
作者姓名：
徐轶凡;AJMAL Maria;董飞宇;张震;林晖;陈红歌
作者机构：
河南农业大学生命科学学院 农业农村部农业微生物酶工程重点实验室,河南郑州450002
文献出处：
引用格式：
[1]徐轶凡;AJMAL Maria;董飞宇;张震;林晖;陈红歌-.黑曲霉木质纤维素降解酶基因的可变剪接分析及验证)[J].菌物学报,2022(10):1619-1633
A类：
纤维素降解酶基因,CBS513,rMATS,ABLas
B类：
黑曲霉,木质纤维素降解酶,Aspergillus,niger,唯一碳源,小麦秸秆,WS,可变剪接体,法显,内含子保留,接在,生长条件,下存,开发新,资源提供,seq
AB值：
0.084999
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