AP2/ERF(APETALA2/ethylene responsive factor)是植物所特有的一类家族转录因子,在控制植物生长发育、参与次级代谢以及抵抗非生物胁迫等方面起重要作用.根据已报道的拟南芥AP2/ERF基因,利用生物信息学手段在最新发布的芝麻(Sesamum indicum L.)参考序列共鉴定出142个AP2/ERF基因,并对其理化性质、系统进化、结构域、保守基序、染色体定位、物种共线性、不同组织的表达特异性以及基因表达对胁迫响应等信息进行分析.根据理化性质分析,将芝麻AP2/ERF基因家族成员编码为121～697个氨基酸,其编码蛋白相对分子量介于13428.04～76020.09 kD之间,理论等电点介于4.50～10.24之间.根据结构域和系统进化分析,将芝麻AP2/ERF蛋白分为4个亚家族,其中AP2包含26个成员、ERF包含116个成员、Soloist包含2个成员以及RAV包含3个成员.其中136个成员不均匀分布于16条染色体上,且集中成簇分布于第1～4和6～12染色体同源群.根据共线性分析,在芝麻染色体上分别有32、49个与大麦、玉米具有共线性的AP2/ERF基因.在演化过程中,芝麻与玉米之间的保守性高于大麦,而与大麦之间的变异性高于玉米.Ⅶ亚组中LOC105157874基因在2个芝麻品种中均上调,可能参与了芝麻响应淹水胁迫调控.为进一步研究芝麻AP2/ERF转录因子家族生物学功能及芝麻抗逆改良提供科学依据.

芝麻;AP2/ERF;转录因子;基因家族分析

赵冰雪;聂功平;张小惠;黄清俊

上海应用技术大学生态技术与工程学院,上海201418;长江大学园艺园林学院,湖北荆州434023

应用技术学报

[1]赵冰雪;聂功平;张小惠;黄清俊-.芝麻AP2/ERF基因家族生物信息学鉴定与分析)[J].应用技术学报,2022(04):399-412

LOC105157874

AP2,ERF,生物信息学鉴定,APETALA2,ethylene,responsive,植物所,植物生长发育,次级代谢,抗非,非生物胁迫,拟南芥,利用生物,Sesamum,indicum,参考序列,结构域,保守基序,染色体定位,不同组织,达特,胁迫响应,据理,性质分析,编码蛋白,白相,相对分子量,kD,等电点,系统进化分析,亚家族,Soloist,RAV,不均匀分布,共线性分析,大麦,保守性,变异性,芝麻品种,淹水胁迫,胁迫调控,生物学功能,抗逆,基因家族分析

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