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16S rRNA标签测序法在尘肺病患者肺部菌群多样性分析中的优化应用
文献摘要：
目的 优化高通量16S rRNA标签测序法,有针对性地获取尘肺病患者肺部菌群结构信息.方法 采集3例尘肺病患者的9份肺部肺泡灌洗液,采用十六烷基三甲基溴化铵法(CTAB)法提取肺泡灌洗液基因组DNA,扩增16S rRNA V4区域并进行NovaSeq 6000测序以及测序数据生物学分析.结果 CTAB法得到16S rRNA扩增产物符合质检,标签测序法得到的去嵌合体序列(effective tags)占比均在74.56％以上,测序深度达6000条时渐进合理,可获取各样本物种合理的丰富度和均匀度,并注释物种,分析各层级占主导地位的优势菌属,可有效进行肺泡灌洗液菌群Alpha和Beta多样性分析.结论 优化版16S rRNA标签测序法可准确分析尘肺病患者肺部菌群结构信息,也可能适用于微生物组分析、快速鉴定及耐药性分析.
文献关键词：
尘肺病;微生物组;16S rRNA;肺泡灌洗液;肺部菌群;丰富度;均匀度
中图分类号：
作者姓名：
邓冠华;唐侍豪;陈育全;侯婷;王致
作者机构：
广州市第十二人民医院职业环境与健康重点实验室,广东广州510620;南方医科大学南方医院放疗科,广东广州 510515
文献出处：
引用格式：
[1]邓冠华;唐侍豪;陈育全;侯婷;王致-.16S rRNA标签测序法在尘肺病患者肺部菌群多样性分析中的优化应用)[J].职业卫生与应急救援,2022(01):74-78
A类：
B类：
16S,rRNA,尘肺病患者,肺部菌群,菌群多样性,多样性分析,优化应用,菌群结构,结构信息,肺泡灌洗液,十六烷基三甲基溴化铵,CTAB,V4,NovaSeq,序数,生物学分析,扩增产物,质检,嵌合体,effective,tags,本物,丰富度,均匀度,优势菌,Alpha,Beta,微生物组,生物组分,快速鉴定,耐药性分析
AB值：
0.253558
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