典型文献
基于高基元SSR构建黍子DNA分子身份证
文献摘要：
为了系统管理和区分鉴别黍子(Panicum miliaceum)资源,建立大数据管理平台,为种质身份标识的研究与鉴定提供理论依据,实现管理的科学规范化,选取来自于华北平原、黄土高原、东北平原等不同地理区域的20份黍子材料,基于30对高基元SSR引物(6、5、4碱基各重复4、10、21对)进行遗传多样性分析;利用PowerMarker 3.25、PopGen 1.32和MEGA 5.0软件计算遗传多样性参数和遗传距离聚类,利用Ntsys 2.11和ID Analysis 4.0分别进行主成分分析和引物组合优化,利用在线条形码生成器()和在线二维码生成器()生成条形码和二维码DNA分子身份证.结果表明,所选取的35对引物中10对引物可作为候选核心引物,这10对引物共检测出等位变异10个,有效等位变异为2.1682～2.9851个,平均为2.6367个;Shannon多样性指数为0.8997～1.0961,平均为1.0206;观测杂合度为0.4737～0.8333,平均为0.6777;期望观测杂合度为0.5533～0.6821,平均为0.6350;Nei's基因多样性指数为0.5388～0.6650,平均为0.6173;多态性信息含量为0.5262～0.7493,平均为0.6579.用5对引物组合(RYW8、RYW12、RYW5、RYW2、RYW1)可将全部材料区分,在线二维码生成器中输入各黍子的名称、统一编号、生态区、来源、字符串等信息,成功构建了20份黍子资源的DNA分子身份证.
文献关键词：
黍子;SSR标记;主成分分析;分子身份证;DNA条形码;二维码
中图分类号：
作者姓名：
丁艺冰;丁雨格;陈凌;王海岗;陈喜明;王瑞云;乔治军
作者机构：
山西农业大学 农学院,山西 太谷 030801;山西农业大学 农业基因资源研究中心/农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室,山西 太原 030031;山西农业大学 玉米研究所,山西 忻州 034099
文献出处：
引用格式：
[1]丁艺冰;丁雨格;陈凌;王海岗;陈喜明;王瑞云;乔治军-.基于高基元SSR构建黍子DNA分子身份证)[J].山西农业科学,2022(05):620-629
A类：
PopGen,Ntsys,RYW12,RYW2
B类：
基元,SSR,黍子,分子身份证,系统管理,Panicum,miliaceum,大数据管理,数据管理平台,身份标识,科学规范,取来,华北平原,黄土高原,东北平原,地理区域,碱基,遗传多样性分析,PowerMarker,MEGA,软件计算,遗传多样性参数,遗传距离,距离聚类,ID,Analysis,组合优化,线条,条形码,生成器,二维码,核心引物,等位变异,Shannon,多样性指数,杂合度,Nei,多态性信息含量,RYW8,RYW5,材料区,编号,生态区,字符串
AB值：
0.358938
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