典型文献
不同花色木棉转录组功能注释与分析
文献摘要:
[目的]木棉是我国南方地区重要的观赏植物,研究不同时期花蕾和花朵的花瓣基因表达差异,揭示花色变异的遗传调控机制,为建立花色定向育种技术提供科学依据.[方法]以木棉不同发育时期深红色花和黄色花的花瓣为研究对象,利用Illumina HiSeqTM 4000开展转录组测序;分别采用DESeq2和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库进行差异表达基因鉴定和通路富集分析.[结果]测序共获得75190个单基因,4772个单基因能被公共数据库注释;基因功能富集分析显示,基因主要富集在基本功能预测、信号转导机制和转录后修饰、蛋白折叠、分子伴侣等通路.共获得不同时期差异表达基因10397个,显著富集在29个生物学通路,主要包括光合作用、代谢和植物激素信号转导通路等.其中,参与苯丙烷生物合成通路的差异表达基因有72个,参与类胡萝卜素、黄酮类生物合成通路和苯丙氨酸代谢通路的差异表达基因分别为25个,这些通路和基因均与花青素的生物合成相关;另有4个差异表达基因显著富集在甜菜碱的生物合成通路中.qRT-PCR数据验证了转录组数据的可靠性.[结论](1)光合作用、代谢、植物激素信号转导、黄酮类生物合成、苯丙烷生物合成、苯丙氨酸代谢及能量代谢等通路相关基因可能参与花瓣的发育过程.(2)黄酮类生物合成通路相关基因在深红色花发育的花蕾中期与花朵期显著高表达,可能是花色呈现红色的主要原因.(3)类胡萝卜素生物合成通路的关键合成酶基因的部分家族成员在黄色花发育的花蕾期和花蕾中期显著高表达,可能是导致花色呈现黄色的主要原因.
文献关键词:
木棉;花色;转录组;变异机制;KEGG分析
中图分类号:
作者姓名:
杨晓慧;朱政财;徐放;王海华;李文业;杨振意;陈小金;朱报著
作者机构:
广东省森林培育与保护利用重点实验室,广东省林业科学研究院,广东 广州 510520;广州市增城区林业和园林科学研究所,广东 增城 511300
文献出处:
引用格式:
[1]杨晓慧;朱政财;徐放;王海华;李文业;杨振意;陈小金;朱报著-.不同花色木棉转录组功能注释与分析)[J].北京林业大学学报,2022(03):1-11
A类:
B类:
同花,花色,木棉,功能注释,南方地区,观赏植物,花蕾,花朵,花瓣,基因表达差异,色变,遗传调控,调控机制,定向育种,育种技术,不同发育时期,深红色,色花,Illumina,HiSeqTM,展转,转录组测序,DESeq2,Kyoto,Encyclopedia,Genes,Genomes,差异表达基因,基因鉴定,通路富集分析,共获,单基因,公共数据库,基因功能,功能富集分析,基本功能,功能预测,后修饰,蛋白折叠,分子伴侣,生物学通路,光合作用,植物激素,激素信号转导通路,苯丙烷,生物合成通路,类胡萝卜素,黄酮类,类生物,苯丙氨酸,酸代谢,代谢通路,花青素,甜菜碱,qRT,数据验证,转录组数据,能量代谢,花发育,键合,合成酶基,酶基因,分家,蕾期,变异机制
AB值:
0.332954
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