为了解斑点叉尾(鮰)(Ictalurus punctatus)全基因组中完整型微卫星的分布特征,本研究使用生物信息学软件MISA对其全基因组微卫星进行了搜索并分析.结果显示,在斑点叉尾(鮰)29条染色体中,筛选到完整型微卫星共510256个,总长度达11 036 941 bp.其中,微卫星数量最多的是2号染色体(25 284个),其次分别是3号、1号和5号染色体,29号染色体的微卫星数量最少,只有11 591个.每条染色体长度与位于其上的微卫星的数量均显著相关(SPSS,r=0.98,P＜0.01).27号染色体的微卫星相对丰度最大(785.03个/Mb),11号染色体的微卫星相对丰度最小(615.89个/Mb).6种重复拷贝类型的微卫星中,单碱基的数量最多,占总数的45.31％,随后依次是二碱基(38.53％)、三碱基(8.73％)、四碱基(6.93％)、五碱基(0.46％)和六碱基(0.04％).斑点叉尾(鮰)全基因组微卫星中,前10种优势重复拷贝类别为A、AC、AG、AT、AAT、AAAT、C、AAC、AAAC和AAG,表现出明显的A、T碱基优势.本研究结果可为进一步研究斑点叉尾(鮰)全基因组特征提供参考,并为今后进行斑点叉尾(鮰)分子标记辅助育种及遗传信息评估等工作提供基础资料.

斑点叉尾(鮰);全基因组;微卫星;分布特征

唐荣叶;苏孟园;杨汶珊;徐杰杰;王涛;尹绍武

南京师范大学海洋科学与工程学院 江苏省特色水产育种与绿色高效养殖技术工程研究中心 江苏 南京 210023

渔业科学进展

[1]唐荣叶;苏孟园;杨汶珊;徐杰杰;王涛;尹绍武-.斑点叉尾(鮰)全基因组微卫星分布特征分析)[J].渔业科学进展,2022(02):89-97

斑点,微卫星,Ictalurus,punctatus,完整型,生物信息学软件,MISA,总长度,bp,卫星数量,体长,星相,相对丰度,Mb,拷贝,贝类,碱基,AAAT,AAAC,AAG,全基因组特征,分子标记辅助育种,遗传信息,基础资料

0.262837