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高通量测序确定肠道病毒A71型感染致宿主细胞miRNA表达谱的改变
文献摘要：
目的:确定肠道病毒A71型(Enterovirus-A71，EV-A71)感染人扁桃体上皮细胞后miRNA表达谱的改变。方法:EV-A71以感染复数为1感染人扁桃体上皮细胞6 h后，采用Trizol提取总RNA，构建小RNA文库，在Illumina NextSeq 500平台进行高通量测序，处理数据后确定差异表达的已知和新型miRNA种类及其靶基因，进行基因本体和信号途径分析；使用psRNATarget预测具有潜在结合EV-A71基因组的差异表达的miRNA种类。实时定量RT-PCR检测差异表达miRNA的变化倍数。结果:通过高通量测序共鉴定61个已知差异表达的miRNA(下调21个、上调40个)和559个新型miRNA，新型miRNA具有典型的前miRNA的二级发卡结构。实时定量RT-PCR确定hsa-miR-517b-3p和hsa-miR-199a-5p的变化倍数与高通量测序结果基本一致。差异表达miRNA靶基因涉及到不同的生物学过程和信号途径。共鉴定出24个差异表达的miRNA(5个已知miRNA，19个新型miRNA)具有与EV-A71结合的潜在"种子序列"。结论:EV-A71感染人扁桃体上皮细胞后引起miRNA表达谱的显著改变，且差异表达的miRNA可能靶向结合EV-A71基因组进而调控EV-A71复制。
文献关键词：
肠道病毒A71型;人扁桃体上皮细胞;miRNA;高通量测序
中图分类号：
作者姓名：
孙萍萍;柳雪;李丹;任晴;苏萌;郭文平;杜娈英;王蒋丽;谢广成
作者机构：
承德医学院病原生物学教研室 病原防控研究室，承德 067000;承德医学院校医院检验科，承德 067000;承德市疾病预防控制中心微生物检验室，承德 067000;承德医学院基础医学研究所，承德 067000
文献出处：
引用格式：
[1]孙萍萍;柳雪;李丹;任晴;苏萌;郭文平;杜娈英;王蒋丽;谢广成-.高通量测序确定肠道病毒A71型感染致宿主细胞miRNA表达谱的改变)[J].中华实验和临床病毒学杂志,2022(01):1-7
A类：
人扁桃体上皮细胞,517b
B类：
肠道病毒,A71,宿主,主细胞,miRNA,表达谱,Enterovirus,EV,复数,Trizol,文库,Illumina,NextSeq,差异表达,靶基因,基因本体,信号途径,途径分析,psRNATarget,实时定量,倍数,发卡,hsa,3p,199a,5p,生物学过程,子序列
AB值：
0.224893
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