典型文献
基于GEO数据库的胰腺癌循环肿瘤细胞代谢通路及关键基因研究
文献摘要：
目的 探讨胰腺癌循环肿瘤细胞(CTCs)中起关键作用的代谢通路及关键基因.方法 从GEO数据库筛选胰腺癌CTCs相关数据集,利用R studio软件筛选差异基因,与KEGG数据库的代谢相关基因比对,寻找代谢相关差异基因.对差异基因进行KEGG通路富集,使用STRING、Cytoscape进行蛋白相互作用网络分析和可视化.最后,对比两数据集富集的代谢通路,获得关键通路及基因,并利用TCGA和TIMER数据库分析关键基因与临床特征和免疫浸润的关系.结果 分别从数据集GSE118556和GSE18670筛选出834个和1119个差异基因.前者基因主要富集到半胱氨酸和蛋氨酸代谢、一碳代谢和辅酶因子合成等代谢通路,后者基因主要富集到一碳代谢、嘌呤代谢和甘油磷脂代谢通路.其中转酮醇酶(TKT)在两个数据集的一碳代谢中均显著上调.TKT与总体生存期、肿瘤分期、组织学分级相关(P<0.05).同样编码转酮醇酶同工酶的TKTL1和TKTL2与免疫浸润相关(P<0.05).结论 通过对胰腺癌CTCs数据集的生物信息学分析,发现一碳代谢和TKT可能在CTCs的形成和维持中起关键作用,为进一步研究胰腺癌转移的代谢机制提供一定的基础.
文献关键词：
胰腺癌;生物信息学;循环肿瘤细胞;代谢重编程;免疫浸润
中图分类号：
作者姓名：
林杏仪;田振烽;潘乐乐;苏铭昕;陈茵婷
作者机构：
中山大学孙逸仙纪念医院消化内科,广州510120
文献出处：
引用格式：
[1]林杏仪;田振烽;潘乐乐;苏铭昕;陈茵婷-.基于GEO数据库的胰腺癌循环肿瘤细胞代谢通路及关键基因研究)[J].岭南现代临床外科,2022(01):34-41
A类：
GSE118556,GSE18670,TKTL1,TKTL2
B类：
GEO,胰腺癌,循环肿瘤细胞,细胞代谢通路,关键基因,基因研究,CTCs,studio,差异基因,代谢相关基因,通路富集,STRING,Cytoscape,蛋白相互作用网络分析,两数,TCGA,TIMER,数据库分析,免疫浸润,蛋氨酸,酸代谢,一碳代谢,辅酶,嘌呤代谢,甘油磷脂代谢,转酮醇酶,总体生存期,肿瘤分期,组织学分级,同工酶,生物信息学分析,代谢机制,代谢重编程
AB值：
0.239955
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