目的:本研究旨在明确二甲基甘氨酸脱氢酶(DMGDH)基因在泛癌中的表达情况及与患者预后的相关性,并探讨DMGDH在肾透明细胞癌(KIRC)中的相关功能及可能机制.方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据分析DMGDH在泛癌中的表达差异情况,并通过Cox回归法分析DMGDH与各种肿瘤临床预后的相关性.根据DMGDH的表达量,对差异表达的基因进行了基因功能注释(GO)和基因组京都百科全书(KEGG)功能富集分析.最后使用DMGDH对过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路中的关键靶点蛋白过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)、过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα)以及具有晶型结构细胞色素P450(CYP450)亚型的受体蛋白细胞色素P450家族1亚家族B成员1(CYP1B1)进行蛋白-蛋白对接分析.结果:TCGA数据分析显示,DMGDH在多种肿瘤组织中显著下调,特别是KIRC.生存分析结果显示DMGDH在KIRC中是预后的保护因素,P值为3.92e-07.生存列线图结果显示DMGDH、年龄和肿瘤(T)淋巴结(N)远处转移(M)分期是独立的预后因素,其生存模型C指数(C-Index)为0.776.基因富集与功能分析显示DMGDH可能与羧酸转运和PPAR信号通路及细胞色素P450代谢有关.蛋白-蛋白对接结果DMGDH与PPARγ、PPARα和CYP1B1蛋白结合较好.结论:DMGDH参与KIRC的发生和发展可能与PPAR信号通路和细胞色素P450代谢有关,DMGDH可以作为KIRC预后的分子标志物.

DMGDH;肾透明细胞癌;预后;蛋白-蛋白对接;生物信息学

韩君;张泽鑫

北京康仁堂药业有限公司,北京 101301;广州中医药大学第一临床医学院,广东广州 510405

化工时刊

[1]韩君;张泽鑫-.基于TCGA数据库和蛋白-蛋白对接分析DMGDH在肾透明细胞癌组织中的表达及临床意义)[J].化工时刊,2022(02):6-11,55

DMGDH,92e

TCGA,肾透明细胞癌,癌组织,二甲基,甘氨酸,泛癌,KIRC,相关功能,可能机制,癌症基因组图谱,表达差异,Cox,回归法,临床预后,差异表达,基因功能注释,京都,百科全书,功能富集分析,过氧化物酶体增殖物激活受体,PPAR,关键靶点,靶点蛋白,晶型结构,细胞色素,CYP450,受体蛋白,亚家族,CYP1B1,肿瘤组织,生存分析,保护因素,生存列线图,淋巴结,远处转移,预后因素,生存模型,Index,基因富集,功能分析,羧酸,蛋白结合,分子标志物

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