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基于de Bruijn图和序列比对的长序列混合纠错算法
文献摘要：
第三代测序技术产生的长序列错误率非常高,现有的长序列纠错算法还有待进一步提升纠错质量.本文通过遍历k值可变de Bruijn图来扩展连接种子形成种子序列,使得序列路径覆盖长序列中未与短序列比对的区域;采用序列比对来纠正长序列与短序列对准的区域,并使用种子序列路径来纠正长序列未与短序列对准的区域.在模拟数据集和真实数据集上的实验结果表明,与已有的长序列混合纠错算法相比,本文的算法获得较高质量的纠错序列.
文献关键词：
长序列纠错;混合纠错;序列比对;de Bruijn图
中图分类号：
作者姓名：
刘刚
作者机构：
广西大学计算机与电子信息学院,南宁 530004
文献出处：
引用格式：
[1]刘刚-.基于de Bruijn图和序列比对的长序列混合纠错算法)[J].现代计算机,2022(05):32-37,45
A类：
混合纠错,长序列纠错
B类：
de,Bruijn,序列比对,第三代测序技术,错误率,遍历,成种,子序列,路径覆盖,对准,模拟数据,真实数据
AB值：
0.221137
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