典型文献
结核分枝杆菌Rv1729c基因编码的S-腺苷甲硫氨酸依赖性甲基转移酶的表达及生物信息学分析
文献摘要：
目的:探讨结核分枝杆菌(H37Rv)Rv1729c基因编码的S-腺苷甲硫氨酸依赖性甲基转移酶(S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase,SAM-MTs)的结构功能及抗原表位等生物信息学特征.方法:采用PCR方法扩增H37Rv菌株Rv1729c基因,构建重组质粒转化大肠杆菌BL21菌株并用Western blot方法优化表达条件.通过在线Protparam和Protscale软件分析SAM-MTs的理化性质;在线SignaIP 4.1和TMHMM软件预测其信号肽及跨膜区;在线SSPro和MotifScan软件分析蛋白质二级结构;在线Expasy分析工具SWISS_MODEL建立蛋白的三级结构模型;应用ABCpred、NetMHC等程序分析SAM-MTs的B细胞及T细胞抗原表位.结果:获得的Rv1729c基因全长939 bp,基因序列与GenBank上公布的MTB标准株的核苷酸同源性为100％.该基因诱导表达的最佳IPTG浓度为0.4 mmol/L,最佳表达时间为7 h,最适表达温度为20℃.Western blot显示SAM-MTs的分子量为35 kDa.生物信息学分析显示SAM-MTs(Rv1729c)共有312个氨基酸,分子质量为33.654 ku,理论等电点4.75,脂溶性系数91.41,不稳定系数31.41,为稳定蛋白.SAM-MTs蛋白无信号肽,其二级结构中无规则卷曲占47.4％,α螺旋占40.7％,β折叠占11.9％,结构疏松.三级结构同源建模与putative S-adenosyl-l-methionine-dependent methyltransferase ML2640具有高度相似的序列.SAM-MTs氨基酸序列中有5个潜在的B细胞抗原表位,8个Th细胞表位,6个磷酸化位点,4个酰基化位点.结论:成功扩增了结核分枝杆菌Rv1729c基因,并对其表达产物进行了表达纯化,生物信息学获得了其编码蛋白SAM-MTs的结构功能及抗原表位等生物信息学的基本特征.
文献关键词：
结核分枝杆菌;克隆;表达;SAM-MTs(Rv1729c);生物信息学分析
中图分类号：
作者姓名：
陶香林;吴欢;孙恩涛;叶长江;文育锋
作者机构：
皖南医学院检验学院,安徽 芜湖 241002;皖南医学院公共卫生学院
文献出处：
引用格式：
[1]陶香林;吴欢;孙恩涛;叶长江;文育锋-.结核分枝杆菌Rv1729c基因编码的S-腺苷甲硫氨酸依赖性甲基转移酶的表达及生物信息学分析)[J].沈阳医学院学报,2022(04):341-346
A类：
Rv1729c,SignaIP,SSPro,MotifScan,ML2640
B类：
结核分枝杆菌,基因编码,腺苷,甲硫氨酸,甲基转移酶,生物信息学分析,H37Rv,adenosylmethionine,dependent,methyltransferase,SAM,MTs,结构功能,抗原表位,重组质粒,大肠杆菌,BL21,blot,方法优化,Protparam,Protscale,TMHMM,软件预测,信号肽,蛋白质二级结构,Expasy,SWISS,MODEL,三级结构,ABCpred,NetMHC,程序分析,全长,bp,基因序列,GenBank,MTB,标准株,同源性,基因诱导,诱导表达,IPTG,分子量,kDa,分子质量,ku,等电点,脂溶性,不稳定系数,无规则,卷曲,折叠,同源建模,putative,氨基酸序列,Th,细胞表位,磷酸化,酰基化,达产,表达纯化,编码蛋白
AB值：
0.324718
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